کریپتوسپوریدیوزیس یک بیماری نسبتاً مهم و جدی است و معمولاً به عنوان یکی از عوامل اصلی اسهال در انسان و دام های اهلی شناخته می شود. اطلاعات مستند نشان دهنده ی حضور سه گونه ی کریپتوسپوریدیوم در طیور شامل کریپتوسپوریدیوم بیله ای، کریپتوسپوریدیوم مله آگریدیس و کریپتوسپوریدیوم گالی می باشد. برخلاف پستانداران که عمدتاً کریپتوسپوریدیوزیس را به فرم روده ای نشان می دهند، در طیور، کریپتوسپوریدیوزیس به فرم های روده ای و تنفسی دیده می شود. مطالعه ی حاضر به بررسی هیستوپاتولوژی کریپتوسپوریدیوم در طیور گوشتی صنعتی و بومی استان گیلان می پردازد. در این مطالعه، تعداد 100 نمونه از جوجه های گوشتی صنعتی و بومی استان گیلان در فصول زمستان 1392 و بهار 1393 جمع آوری گردید. در ابتدا 150 لام آماده گردید. نمونه های بافتی در این مطالعه از ریه،نای،بورس فابریسیوس و روده بودند. همه ی نمونه ها به روش رنگ آمیزی هماتوکسیلین –ائوزین مورد مطالعه ی میکروسکوپی قرار گرفتند، سپس نمونه های مثبت از لحاظ آلودگی به کریپتوسپوریدیوم به روش رنگ آمیزی اختصاصی زیل نیلسون بافتی رنگ آمیزی گردید. بر اساس نتایج حاصل، آلودگی به گونه های کریپتوسپوریدیوم در ریه، نای، روده و بورس تشخیص داده شد. میزان آلودگی همزمان در این بافت ها 7/27 درصد بود.