مسئله مقایسه و انطباق ساختار سه بعدی پروتئین ها یکی از مهم ترین اهداف محاسبات زیست ساختاری است و ابزاری ارزشمند برای طبقه بندی پروتئین ها، پیش بینی ساختار پروتئین، مطالعات تکاملی و پی بردن به رابطه بین توالی و ساختار سه بعدی پروتئین ها می باشد. به دلیل چندجمله ای غیر قطعی-سخت بودن انطباق ساختار پروتئین، راهکارهای ارائه شده از روش های مکاشفه ای استفاده می کنند.در این پایان نامه یک الگوریتم جستجوی مبتنی بر الگوریتم ژنتیک و برنامه ریزی پویا معرفی گردید.