آگاهی از میزان تنوع ژنتیکی گونه های درختی امری ضروری برای توسعه استراتژی های مدیریت و حفاظت جنگل است. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی افرا کیکم (acer monspessulanum l.)، 51 ژنوتیپ از روستاهای گمارلنگ، آرمرده، هواره خول و سیوچ توسط 13 آغازگر issr مورد بررسی قرار گرفت. از میان 120 نوار تکثیر شده، 117 باند چندشکلی نشان دادند. شاخص محتوای اطلاعاتی چندشکل آغازگرها در محدوده (45/0-20/0) بود. دندروگرام بدست آمده از نشانگر issr، نشان داد که دسته بندی مبتنی بر داده های نشانگری جمعیت ها از همخوانی نسبتا ضعیفی با مختصات جغرافیایی و دوری و نزدیکی آنها برخوردار است. این نتیجه از طریق آزمون همبستگی منتل نیز تایید شد. نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که عمده تنوع در داخل جمعیت ها است (86 درصد تنوع درون جمعیتی در مقابل 14 درصد تنوع بین جمعیتی). میزان جریان ژنی 94/2 برآورد شد که می تواند توجیه خوبی برای وجود تنوع بالا در داخل جمعیت ها و تنوع کم بین جمعیت ها باشد. تجزیه به مختصات اصلی، گروهبندی بدست آمده در تجزیه خوشه ای را توجیه نمود. میانگین شاخص شانون (i) و شاخص تنوع ژنی (he) به ترتیب 47/0 و 30/0 برآورد شد. ضریب تمایز بین جمعیتی (gst) 14 درصد از کل تنوع را به تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها نسبت داد که این نتایج با نتایج بدست آمده از تجزیه واریانس مولکولی همخوانی دارد. نتایج این پژوهش نشان داد که نشانگر issr می تواند یک سیستم نشانگر مناسب در جهت تشخیص تنوع و روابط ژنتیکی در بین جمعیت های افرا کیکم زاگرس شمالی باشد.