باتوجه به این که امروزه تنها بقایایی از بنای مسجدجامع شهر باستانی استخر برجای مانده و فرم و ساختار معماری اولیه ی آن ناشناخته است، مسئله ی اساسی ازبین رفتن ردپای این بنای مهم تاریخی در یک محوطه ی باستانی ارزشمند در اثر عدم وجود یک الگوی حفاظتی و مرمتی برای آن می باشد. حال با وجود این مسئله اقداماتی اساسی در جهت حفاظت و مرمت آن باید انجام گیرد تا بتوان از نابودی بیشتر این بنا جلوگیری کرد. از سوی دیگر به دلیل ازبین رفتن کلیت معماری این بنا، بازخوانی آن می تواند اقدامی درجهت آشکار نمودن فرم و ارزش های معماری ازدست رفته ی آن باشد. بازخوانی بنای مسجد و تهیه ی مدل سه بعدی دیجیتالی آن بر اساس اسناد و مدارک به دست آمده و شواهد موجود و همچنین ارائه ی طرح حفاظت معماری برای این بنا از اهداف این پژوهش می باشد. فرضیه های پژوهش عبارتند از: 1- مسجدجامع شهر استخر نخستین مسجد ساخته شده در ایران است. 2- این بنا با استفاده از مصالح هخامنشی و بر روی یک آتشکده ساخته شده است. روش تحقیق: میدانی- مورد کاوی، روش یافته اندوزی: کتاب خانه ای- میدانی، روش تجزیه و تحلیل: کیفی، کمی: علی و فرآیند تحقیق: مشاهده- مطالعه- بررسی های میدانی- تجزیه و تحلیل و رسیدن به طرح است. درمورد نتایج به دست آمده، اگرچه به طور قطع نمی توان گفت که مسجدجامع شهر استخر اولین مسجد ایران است، اما با قطعیت می توان بیان کرد که این بنا، بزرگ ترین مسجدی است که در قرن اول هجری در ایران ساخته شده و دارای یک مرحله ی ساختمانی بوده است. این موضوع نشان از جایگاه والای شهر استخر در اوایل دوره ی اسلامی مانند زمان ساسانیان دارد. از طرفی به لحاظ استفاده از مصالح و قسمت هایی از بنای هخامنشی موجود در محل در ساخت آن، منحصر به فرد می باشد، به طوری که قرارگیری ستون های شیاردار با پایه ستون ها و سرستون هایی به شکل گاو و همچنین جرزهای یکپارچه ای که هخامنشی بودن آن ها ثابت شده، در شبستان و رواق مسجد انکار ناپذیر است. درمورد این که آیا بنای اولیه ی تبدیل شده به مسجد آتشکده بوده است، نتایجی به دست آمده اند، اما با این وجود نمی توان در این مورد نظر قطعی داد و اثبات این فرضیه باتوجه به این که قسمت اعظم این بنا در زیر خاک قرار دارد، نیاز به انجام مطالعات و کاوش های باستان شناسی گسترده ای در محوطه ی مسجد و در کل محوطه ی شهر دارد. از طرفی تا زمانی که همه ی قسمت های بنا از زیر خاک بیرون نیامده، نمی توان یک طرح حفاظتی و مرمتی جامع و کامل را برای آن ارائه نمود. با این وجود طرح هایی به منظور حفاظت بقایای معماری بنای مسجد به صورت موقت و اضطراری، نیمه دائم و دائمی به همراه جزئیات اجرایی آن ها ارائه شده اند.