عدم قطعیت به حالتی اطلاق می شود که منعکس کننده نداشتن اطمینان درباره فرآیندهای فیزیکی یا سیستم مورد نظر بوده و بالقوه منجر به تفاوت بین خروجی های بدست آمده و مقادیر درست در سیستم می شود. مدل سازی فرآیندها در سیستم آب-خاک-گیاه-اتمسفر در دهه های اخیر بسیار توسعه یافته اند. این گونه مدل های آگروهیدرولوژی علاوه بر شبیه سازی بیلان آب و املاح در خاک و شبیه سازی رشد و عملکرد گیاهان، امکان تحلیل سناریوهای مدیریتی آب در مزرعه تحت شرایط مختلف اقلیمی را نیز فراهم کرده-اند. اما مسئله ای که هنوز در مدل سازی های آگروهیدرولوژی به صورت چالش باقی مانده است، تخمین درست پارامترهای مدل (واسنجی) و اطمینان از برآورد های (خروجی های) مدل در شبیه سازی ها می باشد. تحلیل عدم قطعیت در کاربرد مدل ها این امکان را فراهم می کند تا بتوان اطلاعات بیش تری در مورد خروجی های مدل پیش بینی به دست آورده و با اطمینان بیش تری از نتایج آن ها در فرآیندهای تصمیم گیری استفاده کرد. هدف این رساله ارائه مفاهیم و روش شناسی تحلیل عدم قطعیت در مدل های آگروهیدرولوژی و سپس کاربرد دو روش glue و روش dream-zs در تحلیل عدم قطعیت دو مدل آگروهیدرولوژی پرکابرد با اهداف مختلف در مقیاس مزرعه می باشد.