گیاه گوجه فرنگی (solanum lycopersicum) یکی از اصلی ترین گیاهان زراعی در دنیا است. حساسیت به دمای پایین دامنه کشت این گیاه را کاهش داده است. اطلاعات کمی در رابطه با چگونگی بیان ژن ها و تغییرات هورمون ها در ریشه گوجه فرنگی در شرایط دمای پایین در دسترس است. جهت بررسی اثر دمای پایین بر معماری ریشه و شناسایی ژن های کلیدی و تغییرات هورمون ها، دو ژنوتیپ حساس (s. lycopersicon cv. moneymaker) و مقاوم گوجه فرنگی (s. habrochaites, la1777) تحت شرایط دمای نرمال (? 23) و دمای پایین (? 15به مدت سه روز) مورد بررسی قرار گرفتند. از روش illumina rna sequencing برای بررسی تغییرات کامل بیان ژن ها و uplc ms/ms جهت بررسی محتوی هورمونی استفاده شد. نتایج تحقیق حاضر اولین مطالعه گسترده ترانسکریپتوم و پروفایل هورمون ها در ریشه گوجه فرنگی تحت تنش دمای پایین است. نتایج این تحقیق نه تنها دید شفافی از مکانیسم های مولکولی و تغییرات هورمون ها در ژنوتیپ مقاوم گوجه فرنگی ارائه داد بلکه ژن های کلیدی جهت بهبود تحمل به دمای پایین را مشخص نمود.