برنج بعد از گندم مهمترین غله به شمار می رود و غذای اصلی حدود نیمی از مردم جهان و اغلب مردم کشورهای در حال توسعه است. آگاهی از سطح تنوع ژنتیکی و برآورد میزان آن در ژرم پلاسم گیاهی و تعیین روابط ژنتیکی مواد اصلاحی، پایه و اساس بسیاری از برنامه های به نژادی می باشد. عملکرد برنج در شرایط گرم خوزستان از تنوع بسیار زیادی بین ژنوتیپ های مختلف برخوردار است. در این پژوهش با استفاده از صفات مورفولوژیک و نشانگرهای ریزماهواره تنوع بین 30 لاین برنج ارسالی از موسسه بین المللی تحقیقات برنج (irri) به همراه رقم هویزه در ایستگاه تحقیقاتی شاوور خوزستان و آزمایشگاه سیتوژنتیک دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری در سال 1393 مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج این پژوهش نشان داد که در میان ژنوتیپ های مورد بررسی اختلاف آماری معنی داری برای تمام صفات اندازه گیری شده وجود داشت. دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای بر اساس صفات مورد اندازه گیری در این پژوهش نشان داد که می توان ژنوتیپ های مورد مطالعه را در سه گروه قرار داد. نتایج تجزیه به مولفه های اصلی نشان داد که چهار مولفه اول در مجموع 63/70 درصد از تغییرات کل را توجیه کردند. طبق نتایج تجزیه بای پلات بر اساس دو مولفه اول، دو شاخص تعداد انشعابات اولیه و وزن خشک کل بوته به ترتیب کمترین و بیشترین تنوع را برای ژنوتیپ های مورد ارزیابی نشان دادند. نتایج همبستگی بین صفات در این پژوهش نشان داد که عملکرد دانه در بوته بالاترین همبستگی معنی دار (55/0r=) را با تعداد خوشه داشت. رگرسیون گام به گام عملکرد دانه در بوته در مقابل صفات دیگر نشان داد که صفات تعداد خوشه، شاخص برداشت، وزن خشک و طول خوشه در مجموع با ضریب تبیین 65/r2=0 بخش عمده ای از تغییرات را توجیه کرد و معادله رگرسیونی بر اساس همین صفات برازش داده شد. با توجه به مقادیر بالای اثرات مستقیم صفات شاخص برداشت و تعداد خوشه (به ترتیب 6/0 و 565/0) و همبستگی معنی دار بین این صفات با صفت عملکرد دانه در بوته (عدم تاثیر زیاد اثرات غیرمستقیم) این صفات را می توان به عنوان شاخص های مناسب جهت گزینش غیرمستقیم برای عملکرد دانه، در نظر گرفت. همچنین ارزیابی مولکولی با استفاده از نشانگرهای ssr نشان داد که آغازگرهای انتخابی چندشکلی مناسبی نشان دادند. در مجموع 22 آلل چندشکل مشاهده گردید. تعداد آلل برای هر آغازگر بین 2 تا 3 با میانگین تعداد آلل 2/2 برای هر آغازگر حاصل شد. نشانگرهای 219 و 407 بیشترین شاخص چندشکلی را نشان دادند، به این معنی که این دو نشانگر بهتر از سایر نشانگرها توانستند فاصله ژنتیکی ژنوتیپ ها را مشخص کنند.