در این تحقیق کارآیی 11 نشانگر issr، 2 نشانگر رتروترانسپوزون و 15 نشانگر ترکیبی issr + رتروترانسپوزون (remap) در 27 ژنوتیپ سویا، مورد ارزیابی قرار گرفتند. از 28 آغازگر تعداد 130 نوار چند شکل به¬دست آمد. از بین نشانگرهای issr و رتروترانسپوزون، آغازگر ubc808 از نشانگر issr با 7 باند بیشترین تعداد باند چند شکل را داشت و آغازگرهای ubc810، ubc811 و ubc822 با 3 نوار کمترین تعداد نوار چندشکل را ایجاد نمودند. از بین نشانگرهای ترکیبی remap، آغازگر ترکیبی ubc810+tos-1 با 9 باند بیشترین تعداد باند چندشکل را داشت و آغازگر ubc811+tos-2 با 2 نوار کمترین تعداد نوار چندشکل را ایجاد نمودند. بیشترین درصد چندشکلی به دست آمده 77 درصد برای ubc808 در نشانگر¬های issr، 54 درصد برای tos-2 در نشانگرهای رتروترانسپوزون و درصد چندشکلی در آغازگرهای ترکیبی در آغازگر ubc808+tos-1، 70 درصد به دست آمد. بالا بودن معیار¬های تنوع ژنی نی، شاخص شانون و میزان pic برای آغازگر¬های ubc825، ubc811، tos-2، hb-12، ubc834+tos-1، ubc807+tos-1، ubc807+tos-2 و ubc808 نشان دهنده کارآیی بالای این آغازگر¬ها در ارزیابی تنوع ژنتیکی در این تحقیق می¬باشد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه¬ای به روش دورترین همسایه با استفاده از ترکیب داده¬های نشانگر¬ها 27 ژنوتیپ¬ها را در 4 گروه قرار داد، گروه¬ها به ترتیب شامل 4، 9، 9 و 5 ژنوتیپ بود. تجزیه تابع تشخیص به روش خطی فیشر نشان داد که روش دورترین همسایه ژنوتیپ¬ها را با دقت 96/3 درصد جداسازی کرد. خصوصیات مورفولوژیکی ژنوتیپ¬های سویا در سطوح مختلف تنش شاهد، 30، 60 و 90 میلی مولار nacl در طرح فاکتوریل بر پایه طرح کاملاً تصادفی ارزیابی شد. نتایج حاصل از تجزیه واریانس نشان داد که تفاوت معنی¬داری بین ارقام، سطوح تنش ازنظر تمامی صفات مورفولوژیکی اندازه¬گیری شده و برای اثر متقابل رقم × تنش برای تمامی صفات به¬غیر از صفات وزن تر ساقه¬چه، وزن خشک ساقه چه، وزن خشک ریشه چه و تفاوت وزن تر و خشک ساقه¬چه وجود دارد. بالاترین ضریب همبستگی بین صفات مورد مطالعه در سطح شاهد، 30 و 90 میلی مولار nacl بین تفاوت وزن خشک و تر ریشه چه و وزن تر ریشه چه و در 90 میلی مولار nacl بین تفاوت وزن خشک و تر ساقه چه و وزن تر ساقه چه بود. نتایج حاصل از تجزیه خوشه¬ای به دو روش دورترین همسایه و بین گروهی با معیار فاصله اقلیدوسی بر اساس صفات مورفولوژیک ژنوتیپ¬های مورد مطالعه را در سطح شاهد، 30، 60 و 90 میلی مولار nacl به ترتیب به 3، 3، 3 و 4 گروه مجزا قرار داد. نتایج حاصل از تجزیه تابع تشخیص نشان داد که صحت گروه¬بندی حاصل از تجزیه خوشه¬ای در سطوح شاهد، 30، 60 و 90 میلی مولار nacl به ترتیب 100، 88/9، 100 و 92/6 درصد می¬باشد. تجزیه و تحلیل روش انتخاب به کمک نشانگر نشان داد باند¬ هایی که موجب افزایش میانگین صفات مرتبط با تحمل به تنش شوری می¬شوند، می ¬توان برای شناسایی ژنوتیپ¬ های مقاوم استفاده کرد.