جوانه زنی پیش از برداشت یعنی جوانه زنی زود هنگام دانه وقتی روی گیاه مادری قرار دارد و یک رویداد نامطلوب است که باعث کاهش کیفیت و عملکرد محصولمی شود.این پدیده معمولاً در واکنش به شرایط نامساعد زمان برداشت اتفاق می افتد و یکی از عوامل محدود کننده تولید غلات به ویژه برنج در شرایط آب و هوای بارانی انتهای فصل رشد می باشد. در این تحقیق به منظور ارزیابی و شناسایی ژنوتیپ¬ها¬ی متحمل به جوانه زنی پیش از برداشت 37 ژنوتیپ برنج شامل 21 رقم محلی،12 رقم اصلاح شده و 4 لاین در آزمایشی بصورت طرح بلوک¬های کامل تصادفی در بهار سال 1392 کشت شدند. جهت بررسی درصد جوانه¬زنی در شرایط زنده و قبل از برداشت، خوشه¬ پنجه¬های اصلی هر ژنوتیپ خم شده و به مدت 24ساعت در آب غرقاب و تا 6 روز باندپیچی و خیسانده شدند و در روز هفتم خوشه¬ها برداشت و درصد بذور جوانه زده در مزرعه، محاسبه شد. علاوه بر آن صفات طول خوشه، طول دانه، حجم خوشه، حجم دانه، ضخامت دانه، ضخامت لما و پالئا، هکتولیتر، فعالیت آلفاآمیلاز و پروتئین کل دانه نیز اندازه گیری شد. نتایج تجزیه واریانس اختلاف معنی داری در سطح احتمال یک درصد در 8 صفت از 12 صفت مورد مطالعه نشان داد. نتایج مقایسه میانگین نشان داد در مجموع ارقام محلی مانند دم سفید و هاشمی از ارقام متحمل و رقم اصلاح شده درفک از ارقامحساسشناساییشدند. نتایج ضریب همبستگی نیز نشان داد طول دانه و فعالیت آلفا آمیلاز با درصد جوانه زنی رابطه مستقیم و معنی داری دارند جهت بررسی ارتباط نشانگرهای مولکولی با صفات فنوتیپی از 6 نشانگر issr ، 3 نشانگر رتروترانسپوزون و 6 نشانگر ترکیبی رتروترانسپوزون و issr استفاده شد. تجزیه خوشه ای به روش upgma ژنوتیپ ها را در دو گروه مختلف قرار داد. گروه اول شامل 14 ژنوتیپ بود که بیشتر آنها به جوانه زنی پیش از برداشت حساس و گروه دوم با 23 ژنوتیپ عمدتا از ژنوتیپ های متحمل به این صفت تشکیل شده بودند. مقدارpic نشانگرها بین 0/16 تا 0/45 و mi بین 0/1 تا 2/8متغیر بود.بالاترین میزان pic در آغازگر tos-2 به میزان 0/45 و بعد از آن tos-2+ubc840به میزان 40/0 تعیین شد. نتایج تجزیه ارتباطی بین نشانگرها و صفات فنوتیپی نشان داد، نشانگر tos-2 با بیشترین تعداد صفات ارتباط دارد که پس از آزمایش های تکمیلی می تواند در برنامه های به نژادی برنج به عنوان نشانگر آگاهی بخش و سودمند معرفی شود .