بررسی همه جانبه معماری بناهای آموزشی، بدون شناخت نظام تفکر آموزشی، امکان پذیر نخواهد بود. مسجد به عنوان نخستین بنای تشکیلاتی حکومتی در اسلام، اگرنشان از جایگاه عبودیت در نظام اسلامی دارد، کارکرد های دیگر این نظم نوساخته را نیز پاسخ می دهد. به تدریج برخی از این عملکردها دارای مکان هایی مستقل می‏شوندآموزش از این دسته است که البته با استقلال بنا، پیوند میان آن و عبادت در طول تاریخ اسلام و بخصوص در ایران گسسته نمی شود. با تکامل نظام آموزشی در مدارس اسلامی، در دوره صفوی شاهد پیوستن مجدد کارکردهای مسجد و مدرسه در یک بنا هستیم. این گونه معماری که مسجد-مدرسه نامیده می شود، همچون دیگر ساخت و سازهای این دوره دارای ویژگی های فاخری است و در دوره قاجار نیز به گونه ای، از نمونه های متعالی معماری شمرده می شوند. امروزه رجوعی معمارانه به معماری مسجد-مدرسه ها با هدف ترمیم گسست و انقطاع صورت گرفته در سنت معماری این نوع از بنا و احیای ارزش های زیبایی شناختی در معماری امروز بناهای با کارکرد آموزش دینی، با نگاهی آینده نگر به ساحت معماری و فضای داخلی، ضروری می نماید. لذا تبیین مبانی ای که روند طراحی معماری را در مقوله بناهای آموزشی-نیایشی، راهبری کنند هدف اصلی پژوهش حاضر قرار گرفته است. پژوهش پیش رو براساس هدف، جزء تحقیقات کاربردی است. و بر اساس روش، رویکردهای مختلفی چون تاریخی-توصیفی، اسنادی، تحلیلی و میدانی با توجه به هدف هر بخش گزینش شده است. در روند تاریخی از منابع مکتوب، منابع تصویری، منابع ساختمانی و اسناد الکترونیکی استفاده شده است. پژوهش با استفاده از مبانی تفکر اسلامی با چهار رویکرد به بررسی رابطه میان مسجد و مدرسه می پردازد؛ تاریخی، ساختار شهری، وقفنامه ها و کالبد معماری در تحلیل تاریخی نقاط عطف گسست و پیوست بنای مسجد و مدرسه و علل آن مورد توجه قرار گرفته و سیر تاریخی آن را به تصویر میکشد. همنشینی این دو بنا در شهر های ایران در بخشی دیگر و تاثیر وقفنامه ها بر نسبت میان مسجد و مدرسه بررسی شده است. شناخت شیوه فضاسازی درالگوی مسجد-مدرسه درگذشته و نیز امکان سنجی شرایط بازآفرینی این الگوی ترکیبی در سطح شهر و محلات از اهداف پژوهش می باشد. در دسته بندی بنای مسجد-مدرسه ها، متفاوت با گونه شناسی های انجام گرفته، از ویژگی الگوهای فضایی معماری ایرانی استفاده شده، و نتایج قابل توجهی از این نوع از نگاه به فضای مسجد-مدرسه‏ها به دست آمده است. همین روش به صورت مفصل، دربررسی نمونه موردی مسجد سید اصفهان به کارگرفته شده است. در پایان با بررسی محورهای یاد شده در فصول و دسته بندی نمونه ها، پیشنهاداتی جهت ایجاد ارتباط و پیوست مجدّد مسجد، مدرسه و مردم ارائه گردید. نتایج به دست آمده از این تحقیق، مشخص می‏کند، که پیوند و همسو شدن علم و دین، سنت فکری معماری اسلامی را احیاء نموده و در برپایی و ادامه حیات آن موثر بوده است. نیز این امکان فراهم است، اگر بتوان با استفاده از این تفکر در دوره‏های تاریخی و ظرفیت‏ها و قابلیت‏های ذاتی آن، در حفظ و زنده نمودن ارزش‏های مادی و معنوی بهره برد. ضرورت هم‏فکری و همراهی مهندسان، و عالمان دینی و بانیان در طراحی و ایجاد مدارس جدید از دیگر نتایج تحقیق است.