در مطالعه حاضر با بکارگیری نشانگرهای مولکولی ریزماهواره و d-loop تنوع و ساختار ژنتیکی ذخایر کپور معمولی پرورشی و کپور وحشی دریای خزر و همچنین لاین کپور پرورشی که از چین وارد ایران گردیده، بررسی شد. نشانگر ریزماهواره¬ برای بررسی ذخایر کپور معمولی در هفت استان کشور شامل مازندران، خوزستان، گیلان، گلستان، اصفهان، آذربایجان و سیستان و همچنین ذخیره وارد شده از چین استفاده شد (240=n). همچنین با استفاده از نشانگر mtdna علاوه بر ذخایر ذکر شده ، کپور وحشی دریای خزر نیز مورد بررسی واقع گردید (36=n). در شش جایگاه ریزماهواره (mfw1، mfw6، mfw7، mfw28، cca04 و cca12) میانگین محدود آللی، میانگین هتروزیگوتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب 10.83 تا 16، 1 و 0.88 مشاهده گردید. 46 آزمون از 48 آزمون ممکن به دلیل افزایش هتروزیگوسیتی خارج از تعادل هاردی-واینبرگ بود. mtdna (d-loop) هفت هاپلوتایپ در بین کل جمعیت¬ها وجود داشت. در آنالیز واریانس مولکولی (amova) نشانگر ریزماهواره تنوع درون جمعیتی (%96) و تنوع بین جمعیتی (%4) و میزان شاخص fst، 044/0 بود. این آنالیز برای mtdna تنوع درون جمعیتی (%42) و تنوع بین جمعیتی(%58) را نشان داد. دندروگرام حاصل از نشانگر ریزماهواره بر اساس فاصله ژنتیکی nei به روش upgmaجمعیت¬ها را در چهار کلاد قرار داد که جمعیت¬های شمال کشور در یک کلاد قرار گرفتند. درخت فیلوژنی d-loop به روش ml نمونه¬ها را در سه کلاد اصلی شامل جمعیت سیستان، جمعیت چینی و جمعیت¬های استان¬های کشور طبقه بندی نمود، دلیل جدا شدن جمعیت سیستان احتمالا وجود هیبرید¬هایی در جمعیت این استان است. در جمع¬بندی نهایی می-توان اظهار نمود، جابه جایی مولد بین کارگاه¬ها و مخلوط شدن جمعیت پرورشی با جمعیت وحشی، به علاوه وارد کردن جمعیت از دیگر کشور¬ها مانع از رسیدن جمعیت کپور پرورشی ایران به تنگنای ژنتیکی شده است و تنوع بین جمعیتی کم بود. در کل نیز تنوع ژنتیکی کمی در ذخایر کپور پرورشی ایران مشاهده شد. این تحقیق ضرورت بازنگری در مدیریت مولدین موجود در کشور و همچنین نظام بندی منسجم و علمی در وارد کردن جمعیت از دیگر کشور¬ها را نشان می¬دهد. زیرا جمعیت¬های وارد شده فقط به صورت مقطعی باعث بهبود وضعیت ژنتیکی کپور معمولی می¬شوند.