سرطان سومین عامل مرگ در ایران است و سالانه حدود 30 هزار نفر در ایران بر اثر ابتلا به انواع سرطان جان خود را از دست می دهند. سرطان مری یا esophagus cancer در بین سرطان ها رتبه ششم از نظر شیوع و از نظر مرگ و میر در رتبه نهم سرطان ها دارد. هدف از این مطالعه ارزیابی بررسی بیان ژن پروستاگلاندین اندوپروکسید سنتتاز 2 (cox-2) در سرطان مری می باشد. cox ها (cyclo-oxygenases)، cox-1و cox-2، آنزیم های نظارتی کلیدی دخیل در تولید پروستاگلاندین ها و دیگر پروستانوئیدها هستند. پروستاگلاندین ها عوامل واسطه ای مهم در فرآیندهای مختلف طبیعی بیولوژیکی از جمله عملکرد سیستم ایمنی و زیست شناسی تولید مثل به شمار می روند. بیان اغراق آمیز cox-2 دارای پیامدهای قابل توجهی است که مختص بافت می باشند و با بیماری های التهابی، سرطان و بیماری های شروع دوره و زایمان زودرس نیز در ارتباط است، به این ترتیب cox-2 یک هدف مهم برای مداخله دارویی است. در این تحقیق بیان ژن cox-2در بیماران مبتلا به سرطان مری در ایران مورد مطالعه قرار گرفت 15 نمونه بافت پارافینه سرطان مری و 15 نمونه پارافینه سالم جمع آوری شده از مراکز مختلف پزشکی درمانی )زابل و کاشان ( جهت اندازه گیری بیان ژن cox-2توسط روش reverse transcriptase real – time polymerase chain reaction آنالیز گردید. تمامی واکنش های pcr با سه تکرار برای ژن cox-2و کنترل داخلی(b- actin) توسط متد(livac) 2-??ctانجام شد. تفاوت در بیان ژن هدف در بیماران و گروه کنترل با استفاده از مدل pfaffl و آزمون مقایسه میانگینanova توسط نرم افزار spss16 انجام گرفت. نتایج نشان داد افزایش معنی داری در بیان ژن پروستاگلاندین اندوپروکسید سنتتاز 2 (cox-2)در بافت های سرطانی مری نسبت به نمونه های شاهد وجود داشت. همچنین اختلاف معنی داری در بیان ژن cox-2 بین دو جنس زن و مرد در دو گروه سالم و بیمار نشان نداد.