شوری یکی از دو عامل عمده محیطی کاهش دهنده تولید محصولات زراعی در جهان است بنابراین خاک¬های شور یا آبیاری با آب شور پتانسیل تولید این گیاه را به شدت کاهش می¬دهد. جهت مطالعه تاثیر سطوح مختلف شوری در چهار سطح (صفر، 3، 6 و 8 دسی زیمنس بر متر) بر جوانه زنی، خصوصیات کمی و کیفی و مولکولی 11 ژنوتیپ سویا، آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار در گلخانه تحقیقاتی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری انجام شد. در این تحقیق 28 صفت مختلف شامل، درصد جوانه¬زنی، سرعت جوانه¬زنی، طول ریشه¬چه، وزن تر ریشه¬چه، وزن خشک ریشه¬چه، طول ساقه¬چه، وزن تر ساقه¬چه، وزن خشک ساقه¬چه ارتفاع بوته، وزن تر بوته، وزن خشک بوته، طول ریشه، وزن تر ریشه، وزن خشک ریشه، تعداد غلاف دو دانه، تعداد غلاف سه دانه، طول غلاف دو دانه، طول غلاف سه دانه، وزن غلاف دو دانه، وزن غلاف سه دانه، تعداد غلاف کل، وزن صد دانه، قطر دانه، عملکرد، میزان کلروفیل a، b، کلروفیل کل، میزان پرولین، با اندازه گیری تعداد سه بوته در هر گلدان ارزیابی شدند. نتایج نشان داد که در صفات اندازه گیری شده تفاوت معنی¬داری بین سطوح شوری و ژنوتیپ¬های مختلف وجود دارد، بطوری که افزایش سطوح شوری عملکرد دانه، وزن صد دانه، تعداد غلاف کل، ارتفاه اندام هوایی و میزان کلروفیل کل را کاهش داد. همچنین ژنوتیپ¬های مختلف سویا واکنش¬های متفاوتی به سطوح مختلف شوری نشان دادند. در سطح شوری 8 دسی زیمنس بر متر بیشترین عملکرد دانه در ژنوتیپ forrest به دست آمد که برای کاشت در مناطقی با شوری بالا قابل توصیه می¬باشد. نتایج حاصل از آنالیز نشانگر ssr نشان داد که ناحیه تکثیر شده توسط آغازگر satt237 در ژنوتیپ¬های forrest، hill،032 ، cokerstoart و brazil17 بطول 278 جفت باز می-باشند بنابراین این ژنوتیپ¬ها در گروه متحمل قرار گرفتند و در ژنوتیپ¬های brazil13، brazil4 و roanoke تولید باند 278 و 247 جفت بازی کرده لذا به نظر میرسد که این ژنوتیپ¬ها نیمه متحمل باشند. و ناحیه تکثیر شده توسط این آغازگر در ژنوتیپ¬های bau08، mangar و 3coh به طول 247 جفت باز می¬باشند که این ژنوتیپ¬ها در گروه حساس به شوری جای گرفتند.