تکنولوژی انتقال ژن به کلروپلاست های گیاهان، یک روش ارزشمند و در حال توسعه در مهندسی ژنتیک است این امر به دلایل مختلفی مانند سطح بالای بیان پروتئین، امکان بیان اپرونی، نبود اثرات خاموشی ژن، پلیوتروپی، اثرات موضعی و شرایط خاص ایمنی زیستی و غیره می باشد. ناقلین کلروپلاستی برای هر گونه گیاهی، حالت اختصاصی دارند و این به خاطر ورود ترانس ژن، در پدیده نوترکیبی همتا ست. وقوع این پدیده به واسطه حضور توالی های همولوگ از ژنوم کلروپلاست میزبان، در دو طرف کاست ژنی می باشد،،که در طراحی و ساخت ناقل های انتقال ژن باید در نظر گرفته شوند. در این تحقیق همسانه سازی ناحیه rrn23- rrn5 از ژنوم کلروپلاست کتان، به عنوان نواحی جناحین ناقل های پلاستیدی در نظر گرفته شد. طراحی آغازگرهای اختصاصی برای تکثیر این نواحی به کمک نرم افزارهای primer-blast و analyzer oligo صورت پذیرفت. پس از استخراج ژنوم کل وتکثیر قطعه با واکنش زنجیره ای پلیمراز، و ارزیابی توسط الکتروفورز ژل آگاروز، عملیات همسانه سازی از طریق روش cloning- t/a و دستورالعمل کیت مربوطه انجام گرفت. پس از موفقیت در همسانه سازی و تایید حضور قطعه ژنوم کلروپلاستی در ناقل پلاستیدی، توالی نوکلئوتیدی آن تعیین گردید و سپس با دسترسی به این توالی نوکلئوتیدی، نسبت به تایید مولکولی آن از طریق نرم افزار بیوانفورماتیکی اقدام شد. با توجه به این که ژنوم کلروپلاست گیاه کتان توالی یابی نشده، بلاست توالی بدست آمده از قطعه rrn23-rrn5 با توالی های مشابه در ncbi، بیشترین تشابه را با گیاهانی از قبیل اکنا (گلابی وحشی)، بید، کرچک و غیره را نشان داد و به این ترتیب صحت همسانه سازی تایید شد. .....