پپتیدهای ضدباکتریائی کوتاه و کاتیونی در موجودات زنده در یک استراتژی دفاعی علیه تهاجم پاتوژن ها تولید می شوند. این پپتیدها با تشکیل منفذ و یا از طریق سازوکار فرشی باعث اختلال در غشاهای سلولی می گردند. پپتیدهای ضدباکتریائی برخلاف آنتی بیوتیک های مرسوم به ندرت در باکتری ها مقاومت دارویی ایجاد می کنند و موجب مرگ میکروارگانیسم ها می شوند. از آن جائی که آیورین $2 . 1$ یک پپتید کوتاه (?? باقی مانده) با فعالیت های ضدمیکروبی است به همین جهت در این پروژه برخی از خواص ساختاری - عملکردی آیورین $2 . 1$ را در حالت محلول و به صورت انفرادی و گروهی در محیط غشاء باکتریائی به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار می دهیم. در این شبیه سازی ها غشاء باکتری را با نسبت $1:3$، pope به popg (فسفاتیدیل اتانول آمین/فسفاتیدیل گلیسرول) مدل می کنیم. همه ی نتایج حاصل نشان می دهند که هلیکس آیورین از سر c و به صورت مایل تمایل به نفوذ به غشاء دارد. اندازه گیری فاصله ی مرکز جرم پپتید از مرکز جرم غشاء و فاصله هر دو انتهای پپتید نسبت به مرکز جرم غشاء، موید این موضوع است. نازک شدن ضخامت غشاء در فرآیند نفوذ پپتید و تشکیل منفذ، در این پایان نامه با رسم نمودارهای مربوط مورد بررسی قرار گرفت. همچنین شمارش تعداد مولکول آب نفوذ کرده نشان می دهد که گروهی از پپتیدها در کنار هم راحت تر نسبت به یک آیورین $2 . 1$ به داخل غشاء نفوذ پیدا می کنند. به کمک نرم افزار vmd مشاهده می شود که پپتیدها هنگام نفوذ به غشاء گروهای فسفات را همراه خود به داخل هدایت می کنند که این مشاهده می تواند بیانگر سازوکار منفذ حلقوی برای اختلال در غشاء توسط آیورین$2 . 1$ باشد.