از بین نشانگر های به کار رفته در prunus، نشانگر های ریزماهواره مبتنی بر ژنوم، اطلاعات پیرامون فرایند های مرتبط با بخش بندی رویشگاه ها و جمعیت های کوچک، توزیع تنوع آللی، ارایه ی الگو های مدیریت ژرم پلاسم و روابط ژنتیکی در زمینه حفاظت ژنتیکی را بهبود بخشیده است. به علاوه بررسی ترانسکریپتومیک و ژنومیک امکان مطالعه تنوع عملکردی ژن ها، ناشی از عملکرد حاصل از بخش بندی رویشگاه، تنوع میزان مقاومت در برابر تنش های زیستی، غیر زیستی و تغییرات محیطی و نیز شناسایی نشانگر های مناسب برای انجام برخی از مطالعات مانند گزینش به کمک نشانگر را میسر می کند. اخیراً نشان داده شده است که تلفیق تنوع ژنومیک و ترانسکریپتوم به همراه ابزار جدید بیوانفورماتیک در برخی گونه های مهم زراعی و باغی می توانند جهت شناسایی تأثیرات نسبی تهدید های ژنتیکی و محیطی مفید باشند و چشم انداز های جدیدی را در مطالعات حفاظت از ذخایر توارثی بگشایند (ابراهیمی و زین العابدینی،1392). با توجه به اینکه ارقام بادام از نظر دیر گلدهی، کمیت و کیفیت میوه (تلخی میوه، سختی پوست) بسیار متنوع هستند، لذا انتظار می رود که مجموعه ی ژرم پلاسم گونه های وحشی به عنوان مخزن زیستی در تأمین ژن های مفید مورد نیاز در برنامه های اصلاحی به کار رود. از این رو با توجه به اثبات کارایی نشانگر های ریزماهواره به عنوان وسیله ارزیابی تنوع ژنتیکی گونه های مختلف، در پژوهش حاضر از نشانگر های ریزماهواره مبتنی بر ترانسکریپتوم از جمله rnaseq-ssr شناسایی شده در بادام، به منظور بررسی تنوع ژنتیکی بادام وحشی گونه haussknechtii .p در دو سطح ارتفاع از سطح دریا و دو جهت شمالی و جنوبی استفاده می گردد.