معرفت مقوله ای است در تمام سنتهای دینی و غیر به رغم اختلافات تفسیرها مد نظر بوده و در متون تفسیری اسلام نیز همواره مورد توجه و عنایت مفسران قرار گرفته است . کشف الاسرار از جمله تفاسیر عرفانی قرآن است که این مقوله سخت در آن مورد توجه بوده است. اما تا کنون تحقیق جامعی در باب کم و کیف آنها صورت نگرفته و حدود و نقود آن معین نگشته و این نوشته متکفل تبیین این مقوله است که با هدف فراهم نمودن استفاده بهینه از این تفسیر و بسط و تعمیق قرآن پژوهی صورت گرفته و در آن از روشهای توصیفی و تفسیری استفاده شده است. دستاورد این پژوهش آن است که مفاهیم معرفتی به کار رفته در این اثر به سه حوزه مفاهیم عقلی ـ ذهنی، از قبیل عقل و تفکر و علم و مفاهیم شهودی مانند فواد ، قلب، تجلی و مفاهیم وحیانی از قبیل وحی تقسیم می شوند . و رنگ غالب آنها از نظر صاحب این تفسیر عرفانی است. کشف الاسرار معرفت مفاهیم عقلی را لازمه و زمینه پیمودن مسیر معرفتی و جزو ارکان ضروری وصول می داند که بدون آن سلوک میسر نمی شود و چه بسا به انحراف منتهی گردد. در واقع این معرفت شرط لازم سلوک اند نه کافی. مفاهیم شهودی هسته اصلی در معرفت را شامل می شود که سالک بعد از گذر از مفاهیم عقلی به آن نائل می گردد که ماهیت درونی و سری دارد که جز خود سالک فرد دیگری توان درک آنرا ندارد چرا که تغییرات روحی و باطنی است که منجر به آگاهی می گردد و باید افراد خود آنرا تجربه نمایند و قابل بیان نمی باشد. مفاهیم وحیانی شامل وحی و الهام می شود که طبق بیان خواجه مراتب موجودات متفاوت اند و اعلا ترین آن بر پیامبر اکرم(ص) وحی شده است.