همردیفی توالی ها روشی برای در اختیار گرفتن اطلاعات اساسی در بیوانفورماتیک است. با این حال، حل مساله ی همردیفی توالی های چندگانه دشوار است. در این پایان نامه ، بهینه سازی تجمع ذرات و الگوریتم ژنتیک برای حل این مساله استفاده شده است. درالگوریتم تجمع ذرات، هر ذره نشان دهنده ی یک همردیفی است و ذرات برای رسیدن به جواب با استفاده از برخی قوانین حرکت می کنند. همچنین در الگوریتم ژنتیک هر کروموزوم به عنوان جواب بالقوه برای رسیدن به جواب بهینه در نظر گرفته می شود.