تغییر رنگ دانه برنج بیماری پیچیده ای است که توسط طیف وسیعی از میکروارگانیسم ها ایجاد و توسعه آن با توجه به رقم، فصل و منطقه متفاوت است. به منظور تعیین عوامل قارچی روی دانه های تغییر رنگ یافته ارقام مختلف محلی (هاشمی) و اصلاح شده (خزر و گوهر)، نمونه های خوشه های آلوده ارقام مذکور، در مرحله رسیدن برنج از مزارع مختلف استان گیلان در سال 1392 جمع آوری شدند. برای جداسازی قارچ ها از دانه های تغییر رنگ یافته از روش های کشت روی کاغذ صافی مرطوب، کشت روی محیط های غذایی آگاردار و روش شست وشوی بذر استفاده شد. در نتیجه بعد از ثبت خصوصیات پرگنه و صفات مورفولوژیکی قارچ ها، گونه های c. oxysporum، c. perangustum، c. angustisporum، c. cladosporioides و c. tenuissimum از جنس cladosporium و گونه های b. chloridis، b. sorghicola b.tripogonis ، b.cynodontis و b. oryzae از جنس bipolaris و گونه ی c. clavata از جنس curvularia و گونه ی a. hyalinulum از جنس acremonium و گونه ی f. lateritium از جنس fusarium و گونه ی e. nigrum از جنس epicoccum شناسایی و درصد وقوع هر یک از جنس ها محاسبه شد. اثر تغییر رنگ شلتوک برنج بر برخی خواص فیزیکی (طول، عرض، ضخامت، سطح، حجم، قطر میانگین هندسی، کرویت، قطر میانگین حسابی و ضریب لاغری)، نیروی گسیختگی دانه، درصد برنج خرد، عملکرد برنج سالم، راندمان تبدیل، درصد برنج سالم، درجه سفید شدگی، درصد گچی بودن دانه ها، وزن هزار دانه، تعداد دانه های پر، پوک و وزن دانه های پر در هر خوشه بررسی شدند. آزمایش به صورت فاکتوریل با دو فاکتور رقم (هاشمی، خزر و گوهر) و شاخص آلودگی دانه (آلودگی بالا و آلودگی پایین) بر پایه طرح کاملا تصادفی با چهار تکرار در موسسه تحقیقات برنج کشور (رشت) انجام شد. خواص فیزیکی دانه، نیروی گسیختگی دانه، درصد برنج خرد، عملکرد برنج سالم، راندمان تبدیل، درصد برنج سالم، درجه سفید شدگی، درصد گچی بودن دانه ها، وزن هزار دانه، تعداد دانه های پر، پوک و وزن دانه های پر در هر خوشه تعیین شدند. نتایج نشان داد که تغییر رنگ شلتوک ناشی از عامل بیماری زا بطور معنی داری باعث تغییر طول (از 7/790 به 7/649 میلی متر)، ضخامت (از 1/700 به 1/676 میلی متر)، قطر میانگین هندسی (2/967 به 2/934 میلی متر)، قطر میانگین حسابی (از 3/845 به 3/789 میلی متر)، سطح (از 20/94 به 20/37 متر مربع)، حجم دانه (از 14/341 به 13/796 متر مکعب)، درصد گچی بودن دانه ها (از 0/19 به 0/22 درصد)، وزن هزار دانه (از 26/32 به 24/65 گرم)، تعداد دانه های پر (75/008 به 67/200)، پوک (40/75 به 50/45) و وزن دانه های پر در هر خوشه (1/87 به 1/58 گرم) و درصد خرد (از 11/46 به 14/55 درصد) شدند. همچنین درصد برنج سالم (از 58/18 به 54/21 درصد)، راندمان تبدیل (از 65/73 به 62/98 درصد)، عملکرد برنج سالم (از 89/69 به 86/08 درصد) و درجه سفید شدگی (از 51/05 به 48/39) در شلتوک با شاخص آلودگی بالا بطور معنی داری کمتر از شلتوک با شاخص آلوده پایین بود. بین ارقام مختلف از نظر اکثر خواص فیزیکی، نیروی گسیختگی و درصد برنج سالم پس از تبدیل و اکثر خصوصیات دیگر اختلاف معنی داری مشاهده شد.