در هنگام رونویسی، rna پلیمراز شروع به نسخه برداری کرده و رشته ی rna می سازد. در این پایان نامه، رونویسی rnap را در حضور نوکلئوزوم مدل کرده و برهم کنش پلیمراز و نوکلئوزوم را شبیه سازی می کنیم. حضور نوکلئوزوم در مقابل پلیمراز و یا افتادن پلیمراز در پس روی، به شدت سرعت رونویسی را کاهش می دهد و گاهی رونویسی را متوقف می کند. نتایج حاصل از شبیه سازیِ ما نشان می دهد هنگامی که افت و خیز نوکلئوزوم بر روی dna زیاد است، پلیمراز می تواند به رونویسی خود ادامه دهد و مکث های آنزیم بسیار کم است. در مقابل با کاهش آهنگ حرکت نوکلئوزوم، پلیمراز در پشت نوکلئوزوم متوقف شده و تا زمان برداشته شدن نوکلئوزوم توانایی حرکت ندارد.