وقوع خشکسالی های اخیر از یک سو و بهره برداری بیش از حد مجاز از منابع آب زیرزمینی دشت اردستان از سویی دیگر، باعث به هم خوردن تعادل آبخوان شده و افت کمی و کیفی آن را به همراه دارد. لذا مدیریت بهره برداری از آبخوان در شرایط مختلف اقلیمی و انسانی، ضروری است و این موضوع، نیازمند شناخت عملکرد سفره آب زیرزمینی است. یکی از راه های شناخت عملکرد آبخوان ها، استفاده از مدل های ریاضی است. یکی از پرکاربردترین مدل ها در این زمینه، مدل سه بعدی modflow است. در این پژوهش، مدل مذکور جهت شبیه سازی آب زیرزمینی دشت اردستان استفاده شد. برای این منظور، پس از تهیه لایه های مورد نیاز مدل با استفاده از نرم افزار arc-gis، واسنجی مدل در دو حالت پایدار و ناپایدار انجام شد. سپس جهت اطمینان از نتایج مدل سازی، اقدام به صحت سنجی شد و تأثیر شرایط مختلف اقلیمی در قالب سناریو های مختلف به مدل اعمال شد. نتایج مدل سازی نشان داد که این مدل، از همبستگی نسبتاً بالایی در شبیه سازی آبخوان اردستان برخوردار است. همچنین نتایج، نشان دهند? بیلان منفی دشت و به تبع آن، تغییرات حجم ذخیر? منفی و کاهش 20 درصدی ذخیر? ثابت آبخوان بود. بنابراین نقشه های ترسیم شده توسط نرم افزار arc-gis و خروجی های مدل سازی، گویای این موضوع است که در چنین شرایطی، سطح آب زیرزمینی دشت اردستان طی 10 سال اخیر، حدود 04/18 متر افت داشته است. در نتیجه حوض? اردستان به لحاظ آبی، شرایط دشوار و حساسی دارد و جزء مناطق با وضعیت ممنوعه- بحرانی محسوب می شود. همچنین نتایج اعمال سناریوهای اقلیمی به مدل نشان داد که بیشترین میزان افت سطح ایستابی در شرایط خشکسالی و پس از آن، در شرایط نرمال و ترسالی اتفاق می افتد. مطالعات خشکسالی نیز نشان داد که خشکسالی اقلیمی در این منطقه، روند مشخصی ندارد که آن را می توان ناشی از موقعیت جغرافیایی و شرایط آب و هوایی منطقه دانست. همچنین شدید ترین خشکسالی ها در سال های 1982 و 2000 رخ داده است. با توجه به بررسی روند و دو دنباله u و u’ در طول دور? آماری نیز، یک جهش در سال 1378 رخ داده که در واقع این جهش بعد از یک دور? نسبتاً پر آب در منطقه است که روند معنی دار از این نقطه شروع و با حاکمیت روند منفی یا کاهشی به جهش دوم در سال 1388 ختم می شود. بنابراین با توجه به آنالیز پارامتر بارندگی می توان اذعان نمود که اقلیم منطقه، روند کاهش بارندگی و افزایش شرایط خشکی را سپری می کند. همچنین ضروریست با مدیریت صحیح بهره برداری و عدم صدور پروانه تأسیس چاه و همچنین اجرای پروژه های آبخیزداری از جمله تغذیه مصنوعی، از ادامه روند افت سطح آب زیرزمینی در این منطقه جلوگیری نمود.