در این تحقیق وضعیت چندشکلی تک نوکلئوتیدی ژنهای prkag3 و n-rap به روش pcr-rflp در اسبهای نژاد تروبرد موجود در استان مرکزی و اسبهای نژاد ترکمن موجود در استان گلستان مورد بررسی قرار گرفت. به این منظور از 40 رأس اسب نژاد تروبرد و ترکمن وارداتی در استان مرکزی واستان گلستان خونگیری به عمل آمد. سپس به روش rflp وضعیت چندشکلی هر ژن توسط آنزیمهای محدودکننده alui و bsegi روی ژل آگاروز 3 درصد و 5/2 درصد مورد ارزیابی قرار گرفت. آنزیم محدودکننده alui برای ژن prkag3 روی ژل آگاروز 3 درصد و آنزیم محدودکننده bsegi برای ژن n-rap روی ژل آگاروز 2/5 درصد استفاده شد. براساس نتایج حاصله در هر 2 نژاد برای هر دو ژن چندشکلی مشاهده شد. برای ژن prkag3 در اسبهای تروبرد مورد مطالعه فراوانی ژنوتیپ های cc، tt، ct به ترتیب 70، 22/5، 7/5 درصد و فراوانی آللی c و t به ترتیب 73/75و 26/25 درصد به دست آمد. برای ژن n-rap در اسب تروبرد مورد مطالعه فراوانی ژنوتیپهای cc، tt، ct به ترتیب 17/5، 30، 52/5 درصد و فراوانی آللی c و t به ترتیب 43/75و 56/25درصد بود. همچنین برای ژن prkag3 در اسبهای ترکمن مورد مطالعه فراوانی ژنوتیپهای cc، tt، ct به ترتیب 47/5، 45، 7/5 درصد حاصل شد و فراوانی آللی c و t به ترتیب 51/25و 48/75درصد بود. در مورد ژن n-rap در اسب ترکمن مورد مطالعه فراوانی ژنوتیپهای cc، tt، ct به ترتیب 7/5، 42/5، 50 درصد حاصل گردید و فراوانی آللی c و t به ترتیب 32/5 و 67/5درصد بود. به طور کلی در روش pcr-rflp مشخص شد که چندشکلی در دو نژاد اسب مورد مطالعه در هر دو ژن prkag3 و n-rap وجود دارد.