از جمله مسائل فلسفی رابطه ی نفس با عقل است. مسائل اصلی این رساله، تعریف نفس و عقل و بیان چگونگی ارتباط این دو از دیدگاه، حکیم افضل الدین کاشانی و ابتکار وی در این زمینه است. بر اساس تحقیق انجام شده، تعریف بابا افضل از نفس عبارت است از «چیزی که هستی سزاوار آن باشد» و عقل: «مرتبه ی بالفعل نفس». بنابر این برای دست یابی به نتیجه، رابطه ی نفس و عقل در دو حوزه ی معرفت شناسی و جهان شناسی مورد تحقیق قرار گرفته است. چنان که در معرفت شناسی با استفاده از مبانی فلسفی بابا افضل از جمله، قوای نفس، رابطه ی نفس با بدن، تجرد نفس، در می یابیم نفس همان مرتبه ی بالقوه ی عقل است به عبارت دیگر نفس و عقل دو روی یک سکه اند که نفس در راستای تعالی به عقل در حرکت می باشد. در جهان شناسی نیز، به این نتیجه می رسیم که عقل صادر نخستین، مبدا صدور کثرات جهان مادی و کد خدای عالم تحت القمر است. لذا نفس ناطقه ی انسانی با افاضه ی عقل فعال خود را از قوه خارج نموده و به فعلیت تام و معرفت به خود و از همه مهم تر معرفت الهی و تسلط بر جهان دست می یابد.