"اثرات یونی" و "اثرات اسمزی" دو جزء اصلی تنش شوری در گیاهان می باشند. شوری با ایجاد تنش یونی و تنش اسمزی موجب کاهش رشد و یا مرگ سلول می شود که در نهایت کاهش دهنده ی تولیدات زراعی است. در این تحقیق پاسخ مولکولی گیاه هالوفیت aeluropus littoralis تحت تیمار کلرید سدیم ( (nacl ، کلرید پتاسیم (kcl) و پلی اتیلن گلایکول peg)) در سه سطح 0(شاهد) و200 و 400 میلی مولار، یکسان سازی شده بر حسب پتانسیل اسمزی با استفاده از تکنیک cdna-aflp با هدف تفکیک اثرات اسمزی از اثرات یونی، مورد بررسی قرار گرفت. از میان 75 est جداسازی شده، 69 est با طول میانگین 250 جفت باز بدست آمد که بازده توالی یابی 92% بود. نتایج آزمون همردیفی با استفاده از الگوریتمblastx ، blastn و tblastx نشان داد که در این میان 72% از رونوشت ها با پروتئین ها و توالی های اسید نوکلئیک شناسایی شده در ارگانیسم های دیگر، شباهت نشان دادند. درنهایت 17 رونوشت هیچ تشابه قابل ملاحظه ای در آزمونهای همردیفی انجام شده نشان نداد که 28% از کل tdfهای توالی یابی را شامل شد و به عنوان ژن های جدید در نظر گرفته شدند. در صد بیان رونوشت های پاسخگو به تنش یونی (اختصاص به nacl و kcl) و رونوشت های پاسخگو به تنش اسمزی (اشتراک nacl و kcl با peg) به ترتیب 44% و 28% بود. نتایج حاصل از آنالیز tdfها نشان داد پاسخ ریشه گیاه به تنش یونی در سطح بیان، بیشتر از پاسخ گیاه به تنش اسمزی بود. در نهایت 69 est جداسازی، تکثیر مجدد و توالی یابی شدند که به 11 گروه عملکردی دسته بندی گردیدند و نقش برخی از آنها در تنش شوری و خشکی مورد بحث قرار گرفت. از طرفی دیگر، شوری و خشکی به دلیل ایجاد پتانسیل اسمزی و سمیت یونی، تولید بیوماس گیاه را تحت تاثیر قرار می دهد. پاسخ وزن تر گیاهچه ها به تیمار peg کمتر از تیمار نمکی بوده که نشان دهنده اثر بازدارندگی بیشتر تنش اسمزی در مقایسه با تنش یونی بوده است. از طرفی دیگر، پاسخ های متفاوت در تولید بیوماس، در تیمار های مختلف نمکی nacl و kcl با غلطت یکسان، حاکی از وجود اثرات ویژه یونی می باشد به طوری که تولید بیوماس در تیمار نمکی kcl کمتر از تیمار نمکی nacl بوده است و این نشان دهنده سمیت بیشتر یون پتاسیم نسبت به سدیم می باشد. درک هرچه بهتر مکانیسم های احتمالی تحمل تنش و بررسی پاسخ های ژنتیکی در سطح ترانسکریپتوم در هالوفیت a. littoralis زمینه ای برای بهبود ژنتیکی گیاهان هم خانواده غیرمقاوم به شوری بخصوص غلات که از منابع اصلی تامین کننده کربوهیدرات بشر هستند، فراهم خواهد نمود.