هرمی کردن ژن بر پایه نشانگرهای مولکولی یکی از روش های نوین اصلاحی برای تجمیع ژن های مطلوب در ارقام برنج می باشد. در این تحقیق به منظور هرمی کردن ژن های مطلوب در رقم طارم جلودار، از ارقام دانش، سنگ طارم، جهش، موسی طارم، باسماتی370 و p35 (موتانت طارم محلی) استفاده گردید. ارقام والدینی در سال زراعی 90-91 در مزرعه آموزشی-پژوهشی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری به روش لاین در تستر با یکدیگر تلاقی داده شدند. در سال بعد هیبریدهای حاصل به همراه والدین در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی کاشته شدند. تعداد 18 صفت مختلف زراعی از جمله ارتفاع، تعداد پنجه بارور، طول خوشه، تعداد کل دانه در خوشه، درصد باروری، طول دانه، وزن صد دانه و عملکرد اندازه گیری شد. همچنین ژنوتیپ ها از نظر صفات کیفی دانه مورد بررسی مولکولی قرار گرفتند. از سه نشانگر ssr و snp پیوسته با ژن های wx، fgr و ssiia استفاده شد. نتایج حاصل از تجزیه لاین در تستر نشان داد که بین ژنوتیپ ها برای کلیه صفات مورد بررسی تفاوت های بسیار معنی داری در سطح 1% وجود دارد. وجود این تفاوت معنی دار در بین ژنوتیپ ها نشان دهنده وجود تنوع کافی برای بهبود صفات می باشد. سهم تسترها (والدین نر) از واریانس کل برای کلیه صفات به جز طول و عرض برگ پرچم و تعداد دانه پر بیشتر از سهم لاین ها (والدین ماده) و اثر متقابل لاین×تستر بوده است که نشان دهنده نقش مهم تسترها در تعیین صفات هیبرید حاصل است. تستر p35 با توجه به متوسط وضعیت بالا و اثرات gca مطلوب به عنوان بهترین تستر برای بهبود صفات مختلف شناخته شد. از بین هیبریدها نیز p35×طارم جلودار، p35×دانش و سنگ طارم× طارم جلودار با توجه به متوسط وضعیت، اثرات sca و مقادیر هتروزیس، هیبریدهای برتر از نظر عملکرد و بیشتر صفات وابسته به آن بودند. همچنین در بخش مولکولی، با توجه به نتایج حاصل از هر سه نشانگر مورد استفاده در نهایت هیبریدهای سنگ طارم×طارم جلودار، جهش×طارم جلودار، سنگ طارم×دانش، جهش×دانش و باسماتی370×دانش به عنوان هیبریدهای دارای کیفیت نسبی مطلوب از جمله درصد آمیلوز متوسط، دمای ژلاتینه شدن پایین و عطر و طعم قوی انتخاب شدند. اثرات هتروتیک مشاهده شده و نیز حضور ژن های کیفی مطلوب در این هیبریدها نویدبخش دست یابی به ارقام super rice در نسل های آینده این تلاقی ها می باشد.