زرین گیاه (dracocephalum kotschyi) یکی از گونه های دارویی و در خطر انقراض می باشد که اسانس آن خواص درمانی بسیاری دارد. در مطالعه حاضر پنج جمعیت بومی زرین گیاه (مجموعا 54 نمونه) از پنج استان کشور مورد مطالعه قرار گرفت. از نشانگرهای مولکولی issr جهت بررسی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت زرین گیاه استفاده شد. از تعداد 30 آغازگر بکار برده شده در این مطالعه 263 باند با وضوح بالا بدست آمد که 242 عدد از این باندها (92/1%) چند شکل بودند. تجزیه ی خوشه ای بر پایه ماتریس تشابه ژنتیکی جاکارد و با روش upgma، نمونه های زرین گیاه را به 4 گروه تقسیم نمود. روش تجزیه به مختصات اصلی (pcoa)، نتایج تجزیه خوشه ای را تا حد زیادی تأیید نمود. تنوع درون جمعیت¬ها با استفاده از میانگین شاخص تنوع ژنی نی(h) و شاخص اطلاعاتی شانون(i) با نرم افزار popgene آنالیز و مورد بررسی قرار گرفت. بیشترین و کمترین تنوع ژنتیکی درون جمعیت به ترتیب در اراک( 0/28=h و 0/41=i ) و البرز( ( 0/2=h و0/3=i ) مشاهده شد. با محاسبه¬ی میانگین آلل¬های موثر(ne) به آلل¬های مشاهده شده(na) که0/84 بدست آمد و بررسی آن در هر جمعیت نشان داد که جمعیت¬ها دارای توزیع ژنی متعادل بودند. همچنین برای بررسی تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها و واریانس مولکولی (amova) از دو نرم افزار popgene وgen alex استفاده شد. میانگین شاخص های gst و nm که میزان تفرق ژنی و جریان ژنی بین جمعیت ها را نشان می دهد به ترتیب 0/27 و 1/31 بدست آمد که بیانگر یک تبادل ژنی ملایم بین پنج جمعیت زرین گیاه می باشد. تجزیه واریانس مولکولی جمعیت¬ها نشان داد که 74% تنوع ژنتیکی شناسایی شده مربوط به درون جمعیت ها و 26% بین جمعیت¬ها می¬باشد. با توجه به داده های حاصل از تشابه ژنتیکی نی که در دامنه ای از 0/88-0/77 قرار گرفتند نشان داد که جمعیت اصفهان با البرز بیشترین تشابه ژنتیکی و اراک با تهران کمترین تشابه ژنتیکی را داشتند که با نتایج فاصله¬ی ژنتیکی تطابق دارد. در بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ها با استفاده از نرم افزار structure جمعیت ها به چهار خوشه تقسیم شدند که جمعیت اراک به دو خوشه ی مجزا تقسیم شد. نتایج نشان می¬دهد استفاده از نشانگر issr یک روش کارآمد و قدرتمند مولکولی در بررسی تنوع ژنتیکی می باشد. این نشانگر به خوبی توانسته روابط ژنتیکی بین جمعیت ها را نشان دهد و درک مناسبی از تنوع ژنتیکی در بین و درون جمعیت ها مشخص کند نتایج مطالعه حاضر حاکی از وجود تنوع ژنتیکی بالا در میان نمونه های مورد بررسی بود. یافته های این پژوهش میتواند در برنامه های مربوط به اهلی سازی و اصلاح این گیاه ارزشمند مورد استفاده قرار گیرد