بیماری شانکر باکتریایی مرکبات یکی از مهمترین بیماریهایی است که سبب خسارت فراوان به کیفیت و کمیت تولید این محصول می گردد. این بیماری در استان های جنوبی ایران و به خصوص در سال هایی که بارندگی زیادی وجود دارد به شدت گسترش می یابد.شناسایی دقیق عامل (عوامل) بیماری و تنوع آن ها در نواحی مختلف کشت مرکبات و تشخیص موثر، سریع و مطمئن عامل بیماری با نگرش به وضعیت تاکسونومیکی اخیر آن ضروری به نظر می رسد. بدین منظور در چندین نوبت اقدام به نمونه برداری از برخی باغ های آلوده در استان های کرمان، هرمزگان، فارس، سیستان و بلوچستان و ایلام گردید. به منظور بررسی موقعیت دقیق عوامل شانکر باکتریایی مرکبات، برخی آزمون های معمول فنوتیپی و بیوشیمیایی، بیماری زایی، مقایسه الگوی اثرانگشتیdna ژنومی به روش rep-pcr، تعیین توالی ناحیه 16srdna و سه ژن نیمه حفاظت شده ی gyrb، atpd ، dnak در نمایندگان جدایه های به دست آمده از استان های مختلف کشور انجام شد. نتایج کلی نشان داد که جدایه های xanthomonas citri subsp. citri به دست آمده از ایران تنوع قابل ملاحظه ای نداشته و متعلق به گروه شانکر آسیایی (تیپ a) می باشند. در بررسی الگوی اثر انگشتی ژنوم، نشانگر eric-pcr توانایی بهتری در نمایش تنوع میان جدایه های عامل شانکر در ایران دارد. با توجه به نتایج آزمون بیماری زایی، الگوی اثرانگشتیrep-pcr و نتایجبررسی توالی بخشی ازژن atpd می توان جدایه های ایران را جزو ایزوله های غیرتیپیک آسیایی (a*) طبقه بندی نمود.در ردیابی جدایه‎ها با چهار جفت آغازگر اختصاصی نتایج نشان داد کهبرخی از آغازگرهای اختصاصی xcc قطعه موردنظر را در باکتری های غیرهدف نیز تکثیر کرده و اختصاصیت لازم را برای ردیابی عوامل شانکر ندارند. در بررسی های بیماری زایی، گروهی از جدایه ها که تعلقی به باکتری xcc نداشتند، توان ایجاد علائم شبه شانکر روی گریپ فروت و لیمومکزیکی داشتند. شناسایی این گروه از جدایه ها پس از چندین نوبت تکرار آزمون بیماری زایی نشان داد که باکتری pantoeaagglomerans به عنوان همراه بیماری شانکر مرکبات در ایران وجود دارد. این نخستین گزارش از همراهی باکتری مذکور با بیماری شانکر در مرکبات است.برای شناسایی صحیح عوامل شانکر باکتریایی مرکبات و نیز سایر باکتری های بیماری زای گیاهی در ایران استفاده از تاکسونومی پلی فازی و چندجانبه پیشنهاد می شود. با توجه به تفاوت علائم در شانکر تیپیک و غیرتیپیک، آزمون های بیماری زایی دقیق و گسترده با بررسی دقیق علائم بیماری و دامنه میزبانی پاتوژن که با توان بیماری زایی آن در ارتباط است، و نیز بررسی های ژنوتیپی عوامل دخیل در بیماری زایی می تواند در تشخیص دقیق عوامل بیماری شانکر مفید باشد.

بیماری پژمردگی باکتریایی یکی از مهمترین بیماریهای سیب زمینی (solanum tubersoum l.) در جنوب استان کرمان است . بیش از 130 آزمون فنوتیپی و نیز آزمونهای بیماریزایی، الکتروفورز پروتئینهای سلولی، نشت دو طرفه در آگاری، ایمیونوالگتروفورز، کروماتوگرافی قندها و چربی ها سلولی روی 48 استرین جداشده از سیب زمینی های آلوده در جنوب استان کرمان انجام گرفت کلیه استرین ها نژاد 3ˆ فنوتیپ b بیووار 2 (بیوتیپ 2-a) باکتری ralstoina solanacerarum 1995، (smith) yabuuchi et al تشخیص داده شدند. استرین ها دارای همگونی نسبتا بالای بوده و تنها در 29 خصوصیت فنوتیپی واکنشهای متفاوت نشان دادند که بر این اساس به دو گروه اصلی با 75 درصد شباهت تقسیم شدند. همچنین استرین ها از نظر نقوس الکتروفورزی پروتئینهای سلولی و کروماتوگرافی چربی های سلولی به دو گروه تقسیم شدند که با گروه بندی حاصل از خصوصیات فنوتیپی همبستگی داشت . آزمونهای سرولوژیکی (نشت دو طرفه در آگار وایمیونوالکتروفورز) با استفاده از آنتی سرم پلی کلونال قادر به تفکیک استرین ها به سروار (servar) نبود. در آزمون کروماتوگرافی قندها، کلیه استرین ها rf نسبتا مشابهی داشته و در یک گروه قرار گرفتند که با rf قندهای گالاکتوز و گلوکز مشابه بودند. در شرایط طبیعی منطقه، این پاتوژن تنها روی سیب زمینی علائم پژمردگی ایجاد کرده، اما از ریشه و ساقه علفهای هرز سلمه تره (chenopodium album)، پنیرک (malva sp.)، ماشک (vicia) (sp. و تلخه (acroptylon repns) نیز جداسازی گردید. با مایه زنی باکتری عامل بیماری در شرایط گلخانه، علائم پژمردگی روی بوته های سیب زمینی، گوجه فرنگی (lycoperssicon) (esculentum، بادمجان (solanum melongna) و نیز علفهای عروسک پشت پرده (physalis alkekengi)، تاتوره (datura stramonium)، ماشک (vicia sp.) و تاجریزی سیاه (solanum nigrum) ظاهر شده و باکتری عامل مجددا از آنها جداسازی گردید. همچنین باکتری یک تا دو هفته پس از مایه زنی ساقه، از حدود 5 سانتی متری بالای محل مایه زنی از گیاهان سلمه تره، یونجه باغی (melilotos officialis)، تاج خروس وحشی (amaranthus sp.)، ازمک (ledidium draba)، خرفه (portulaea oleracea)، ترشک (rumex sp.) و لوبیا (phaseolus vulgaris) جدا شده ولی علائمی در این گیاهان ایجاد نگردید.