رودخانه ها به عنوان مجاری طبیعی جمع آوری و انتقال بارش های جوی که در سطح کره خاکی جریان می یابند همواره از گذشته های دور مورد توجه جوامع انسانی بوده اند، اما تغییرات موجود در طبیعت به تدریج موجب تغییر موقعیت و مورفولوژی رودخانه می شود. بررسی مورفولوژی و مهندسی رودخانه در اقصی نقاط دنیا نشان می دهد که با توجه به وجود طیف وسیع تغییرات در جریان آب، کمیت و نوع رسوبات، جنس مواد بستر و غیره الگوهای مختلفی برای پلان رودخانه می تواند وجود داشته باشد که این ترتیب پلان هر رودخانه معرف بسیاری از ویژگی های ژئومورفولوژی و دینامیکی آن است. پیش بینی تغییرات و جابجایی های رودخانه های آبرفتی از جمله زمینه های تحقیقاتی است که امروزه در بسیاری از محافل دنیا مطرح می باشد. هدف این تحقیق، مطالعه بر روی تاثیر پارامتر های موثر بر تغییرات هندسی و هیدرولیکی رودخانه سیستان می باشد و در این پژوهش شبیه سازی تغییرات رودخانه سیستان در نرم افزار عددی mike 3 انجام گرفت که اعمال ویسکوزیته عمقی در رودخانه و همچنین حل معادلات جریان در سه بعد از جمله نقاط قوت آن می باشد. با توجه به نتایج مدلسازی، مقدار لزجت گردابه ای از مقدار حداکثر m2/s 65/1 تا مقدار حداقل m2/s 3/0 - متغیر است. همچنین مقدار لزجت گردابه ای عمودی در نواحی که عرض رودخانه کم است به مقدار حداکثر می رسد. این مقدار از m2/s 0002/0 تا m2/s 00007/0 متغیر است. همچنین معادلات انتقال رسوب قابل دسترس در نرم افزار mike مورد بررسی قرار گرفت و معادله انگلند هنسن با ضریب همبستگی 77% به عنوان معادله انتقال رسوب مورد استفاده قرار گرفت. میزان عمق آب در نواحی مختلف رودخانه به طور متوسط از مقدار 9/5 متر تا 5/6 متر متغیر است. همچنین به منظور مقایسه تغییرات سرعت در یک مقطع از سه نقطه مختلف در عرض نتایج استخراج شده است. الگوی تغییرات سرعت یکسان است بطوریکه مقدار آن از صفر در لحظات اولیه تا مقدار 01/0 به شدت افزایش می یابد و سپس بدلیل تعادل در شرایط هیدرودینامیک رودخانه، سرعت مقدار تقریبا ثابتی خواهد داشت.