بادرنجبویه یکی از گیاهان دارویی مهم از خانواده نعناعیان می¬باشد. در این پژوهش، تنوع ژنتیکی بر اساس نشانگرهای پروتئینی و aflp در بیست توده m. officinalis بررسی شد. بدین منظور بذر هر توده به صورت جداگانه با سه تکرار در قالب طرح کاملاً تصادفی تحت شرایط گلخانه کشت گردید، سپس از بافت برگی آن در مرحله گیاهچه، پروتئین و dna استخراج شد. نتایج پروفایل پروتئینی در مجموع 22 نوار با 09/59 درصد چند شکلی نشان داد و آنالیز خوشه¬ای آن، 20 توده را به سه گروه اصلی طبقه¬بندی نمود. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی با استفاده از نشانگر aflp، 15 ترکیب آغازگر استفاده شد. به طور کلی 1592 نوار قابل امتیازدهی تولید شد، که 1402 نوار آن چند شکلی (85/89 درصد) نشان دادند. میانگین مقدار محتوای اطلاعات چند شکلی (pic) و شاخص نشانگر (mi) به ترتیب 22/0 و 41/18 بود. توده¬های مورد مطالعه بر اساس آنالیز ساختار جمعیت دارای 4 زیرجمعیت (k) بودند، با توجه به آن، توده¬ها در نمودار آنالیز تجزیه خوشه¬ای (با استفاده از ضریب تشابه dice و روشneighbor net ) در 5 گروه اصلی طبقه¬بندی شدند. شاخص¬های تنوع ژنتیکی برای تمام مکان¬های ژنی از جمله میانگین تنوع ژنتیکی نیز با مقدار 27/0 و میانگین شاخص شانون با مقدار 41/0 محاسبه شد. سطح بالایی از تمایز جمعیت (40/0=gst) و سطح مناسبی از جریان ژنی (81/0=nm) بین جمعیت¬های گروه¬بندی شده برآورد شد. تجزیه و تحلیل واریانس مولکولی بین جمعیت¬های گروه¬بندی واریانس درون جمعیتی (06/98) را بیشتر از واریانس میان جمعیت¬ها (94/1) نشان داد. به طور کلی نتایج مطالعه حاضر، تنوع ژنتیکی قابل قبولی در الگوی الکتروفورگرام محتوای پروتئین کل و قطعات تفکیک شده در aflp برای توده¬های بادرنجبویه به¬دست آمد، اما نشانگر aflp نسبت به نشانگر پروتئین کارایی بیشتری برای شناسایی تنوع ژنتیکی نشان داد. این اطلاعات حاصل از تنوع ژنتیکی جهت جمع¬آوری بادرنجبویه از مراکز تنوع مفید است و به انتخاب والدین از توده¬هایی که دارای فاصله ژنتیکی زیاد هستند، برای اجرای برنامه¬های دورگ¬گیری یا بهبود صفات مطلوب کمک می¬کند. همچنین، برای محافظت و مدیریت ژرم¬پلاسم این گیاه می¬تواند استفاده شود.