کلبسیلا پنومونیا یک پاتوژن مهم بیمارستانی است که اغلب باعث پنومونی و عفونت های خونی یا دستگاه ادراری می شود. این سویه ها فاکتورهای ویرولانس مهمی از جمله کپسول پلی ساکاریدی، آدهسین ها، سیدروفورها و توکسین ها را حمل می کنند که به پیشرفت عفونت های آن کمک می کند. اولین قدم برای مقابله و مهار این پاتوژن شناسایی فاکتورهای مهم ویرلانس آن است. هدف اصلی این پژوهش تعیین فراوانی ژن های کد کننده فاکتورهای ویرولانس کپسول پلی ساکاریدی (wcag)، سیستم جذب آهن (irp2)، آدهسین ها (fimh) و تنظیم کننده فنوتیپ مخاطی (rmpa) با روش multiplex pcr بود. در این پژوهش از ژن مارکر اختصاصی کلبسیلا پنومونیا، rrna 16s-23s به عنوان کنترل داخلی استفاده گردید. در مجموع از 100 ایزوله کلبسیلا پنومونیا مورد مطالعه، ژن fimh با 88% بیشترین فراوانی و ژن rmpa با 6% کمترین فراوانی ژنی را داشتند. فراوانی ژنی برای ژن های irp2 و wcag به ترتیب 87% و 33% مشاهده گردید. این مطالعه نشان داد که ژن های irp2 ، fimh و wcag در ایزوله های شهرستان زاهدان فراوان تر و مهم تر هستند.