تنوع ژنتیکی مهم ترین عامل بقاءموجودات ازجمله گیاهان زراعی در برابر آفات و بیماری ها و تغییرات شرایط محیط است. در این مطالعه 48 اینبرد لاین مختلف ذرت با صفات مورفولوژیکی و نشانگر هایissrمورد بررسی قرار گرفتند . تجزیه واریانس برای 11صفت (ارتفاع بوته، ارتفاع بلال، تعداد ردیف در بلال و ...)در سطح 1? و برای 5 صفت دیگر در سطح 5? معنی دار شد. با توجه به نتایج بدست آمده از محاسبه رگرسیون گام به گام و تجزیه علیت می توان نتیجه گرفت که صفات وزن بلال، وزن هزار دانه، تعداد ردیف دانه در بلال و تعداد دانه در ردیف تعیین کننده های محدودیت گیاه ذرت در تولید دانه و افزایش عملکرد هستند.نتایج نشان داد که عملکرد با صفاتی همچون: تعداد روز ازکاکل دهی تا رسیدن فیزیولوژیک، ارتفاع بوته، ارتفاع بلال، تعداد ردیف دانه در بلال، تعداد دانه در ردیف، قطر بلال، قطر چوب بلال، عمق دانه، وزن هزار دانه و وزن بلال در سطح 1?دارای همبستگی مثبت ومعنی داری می باشد.استخراج dna از برگ های جوان در مرحله دوتا سه برگی انجام شد. سپس تکثیر قطعات با آغازگر issr توسط واکنش pcr انجام گرفت. محصولات تکثیر یافته با استفاده از ژل آگارز و ژل اکریل آمید الکتروفورز شدند. نتایج نشان داد که در مجموع 20 باند از تعداد کل 32 باند چند شکل بودند. که بیشترین باند چند شکل در جایگاه pr-5 با مقدار 71 درصد و کمترین باند چند شکل در جایگاه pr-4 و10- pr با مقدار 57 درصد مشاهده شد. میانگین تعداد آلل موثر 77/1، متوسط چند شکلی و تنوع ژنی به ترتیب 2/62 و 43 درصد بود. تجزیه کلاستر برای داده های کمی و مولکولی انجام شد که برای داده های زراعی تعداد سه گروه و برای داده های مولکولی چهار گروه حاصل شد. به هر حال توصیه می شود آزمایشات کمی طی چند سال و چند مکان با آغازگرهای بیشتر برای حصول نتیجه دقیق تر انجام شود. پیشنهاد می شود لاین های مورد نظر با تعداد آغازگرهای بیشتر issr و همچنین نشانگرهای دیگر مولکولی بررسی شوند تا تنوع موجود در ژنوم این لاین ها بیش ازپیش آشکار شود.