گاستروانتریت یکی از بیماری های رایج قرن حاضر است. عوامل مختلف شامل باکتری، ویروس و انگل به عنوان عوامل اصلی در بروز این بیماری نقش دارند. در این مطالعه عامل ویروسی از نوع روتاویروس مورد بررسی قرارگرفته است. روتاویروس، گاستروانتریت حاد را در کودکان زیر 5 سال به خصوص در کودکان زیر 2سال ایجاد می کند. شدت عوارض ناشی از بیماری را با تشخیص سریع بیماری و اقدامات درمانی مناسب کاهش داد و همچنین با ساخت واکسن مناسب جهت ایمن سازی کودکان علیه این ویروس امکانپذیر است.هدف ازاین تحقیق بررسی شیوع عفونت گوارشی روتاویروس در کودکان زیر5 سال مبتلا به اسهال و استفراغ می باشد. برای تشخیص از تکنیک های الایزا، لاتکس آگلوتیناسیون و rt-pcr برای شناسایی بیماران مبتلا به عفونت روتاویروسی استفاده شد.200 نمونه مدفوعی از بهمن ماه 1392 تا شهریور 1393 تهیه شد. هر سه روش برای 100 نمونه اول تست شد و مقایسه عملکرد هر سه تست از نظر دقت در تشخیص، حساسیت و اختصاصیت بررسی شد. در بررسی میزان شیوع روتاویروس در 200 نمونه، 82 نمونه توسط تست لاتکس مثبت بدست آمد. از این تعداد 42 نمونه با شیوع 21درصد از نظر rt-pcr مثبت تشخیص داده شد.اسفند ماه بیشترین شیوع 95/30 درصد و شهریور کمترین میزان یعنی شیوع 38/2 درصد بدست آمد. در بررسی حاضر رابطه معنی داری بین فصل بروز بیماری، علائم بالینی اسهال، استفراغ و تب در سطح 05/0 بدست آمد. درمقایسه سه روش آزمایشگاهی،در 100 نمونه اول مورد آزمایش، الایزا از نظر سرعت تشخیص، حساسیت بالاو اختصاصیت خوب به ترتیب عبارت بودند از حساسیت 96 درصد، اختصاصیت 85درصد.