هر چند تولید زرشک بی دانه تنها به ایران محدود شده است ولی انواع دانه دار آن در بسیاری از نقاط دنیا به صورت خودرو پراکنده است. به دلیل وجود هیبریداسیون فراوان و پلی پلوئیدیی در این گونه شناسایی مرزها و حدود گونه ها بسیار دشوار است. یکی از راه های تعیین مرزهای بین گونه ای در یک جنس بررسی سیتوژنتیکی و کاریوتایپی از قبیل شمارش تعداد کروموزوم ها و مشاهده تشابهات کروموزومی و تهیه کاریوتایپ می باشد. در این تحقیق، مطالعات کاریوتایپی با استفاده از مریستم های نوک ریشه در 8 اکوتیپ زرشک بومی مناطق مختلف خراسان جنوبی، شمالی و رضوی با استفاده از روش اسکواش انجام شد. در این تحقیق اندازه گیری طول کروموزومها با استفاده از نرم افزار karyotype analysis نسخه 5/1 انجام شد و سایر شاخص ها کاریوتایپی (a2, rec, cvcl, drl, s% و rl) با استفاده از نرم افزار اکسل محاسبه گردید. مقایسه میانگین بین طول کروموزوم های اکوتیپ ها در قالب طرح کاملا تصادفی نامتعادل و با استفاده از نرم افزار jmp انجام شد که اختلاف معنی داری را در سطح 1درصد بین اکوتیپ ها نشان داد. نتایج نشان داد که عدد پایه کروموزومی در تمام اکوتیپ ها برابر با 2n=4x=56 می باشد و بلندترین طول کروموزومی در اکوتیپ قره سو و کوتاه ترین طول کروموزومی در اکوتیپ چلپو می باشد. همچنین بررسی ها نشان داد که اکوتیپ قره سو نا متقارن ترین اکوتیپ و اکوتیپ چلپو متقارن ترین اکوتیپ از لحاظ کاریوتایپی می باشد و این خود نشان دهنده این است که اکوتیپ قره سو متکامل ترین اکوتیپ و اکوتیپ چلپو ابتدائی ترین اکوتیپ است. در مجموع نتایج نشان دهنده وجود تنوع در اکوتیپ های زرشک استان های خراسان می باشد، همچنین گونه b. integerrima گونه غالب در استان های خراسان است.