در این تحقیق کارائی شرکتهای تعاونی روستائی هدف با استفاده از روش تلفیقی کارت امتیازی متوازن و تحلیل پوششی داده ها مورد ارزیابی قرار گرفته، بر حسب میزان کارائی رتبه بندی شده و با نتایج ارزشیابی به روش جاری و سنتی مقایسه گشته و ارتباط کارائی واحدها با عوامل درون سازمانی و برون سازمانی بررسی شده است. بر اساس نتایج این تحقیق، نتایج حاصل از تعیین میزان کارائی واحدها با استفاده از روش پیشنهادی تحقیق با نتایج حاصل از ارزشیابی جاری و سنتی واحدها دارای تفاوت معنادار بوده و با برخی عوامل برون سازمانی و درون سازمانی شرکتها شامل اقلیم حوزه عمل، دوری از مرکز، برخورداری از زیرساختها، سرمایه، بنیه اقتصادی، برگزاری مجامع عمومی، امور اعتباری، میزان فعالیت هیئت مدیره، عاملیت توزیع نهخاده ها و فروشگاهها، خرید و فروش مستقیم محصولات کشاورزی دارای ارتباط مستقیم می باشد ضمن اینکه رتبه بندی واحدها بر اساس میزان کارائی نیز از نتایج تحقیق است.