بررسی ژنتیکی فلور میکروبی خمیرترش سبب شناخت اکولوژیکی و خصوصیات کارکردی می گردد و رقابت، تطابق، متابولیسم و پاسخ تنشی میکروارگانیسم ها را تحت تاثیر قرار می دهد. یکی از روش های سنتی در شناسایی فلور میکروبی، آزمون های بیوشیمیایی وتست تخمیر قند می باشد. روش های مستقل از کشت، همچون واکنش زنجیره ای پلیمراز نیز به منظور تعیین تنوّع میکروارگانیسم ها در اکوسیستم های طبیعی و نمایه نمودن آنها جهت بررسی سیر تکامل جمعیت های میکروبی، توسعه یافته اند. با این هدف، شناسایی مولکولی لاکتوباسیل جدا شده از نمونه خمیر ترش محلی تربت جام، خواف، قوچان، مشهد و دو نمونه صنعتی آلمان و بنگلادش با استفاده از روش کشت و روش مولکولی انجام شد. بدین منظور خمیر ترش براساس خصوصیات ارگانولپتیکی (عطر و طعم) جمع آوری گردید و جدایه های میکروبی بر روی محیط کشت های mrs و m17 از آن تکثیر شد. آزمون تخمیر قندها برای شناسایی زیرگونه هر جدایه انجام شد. پس از استخراج dna از خمیر ترش، واکنش زنجیره ای پلی مراز به منظور شناسایی هر گونه و زیرگونه صورت گرفت. نتایج نشان داد که محیط کشت mrs محیط بسیار مناسب تری جهت رشد لاکتوباسیل ها می باشد. آنالیز نتایج آزمون قندها سه زیر گونه لاکتوباسیلوس فرمنتوم، لاکتوباسیلوس پلانتورم و لاکتوباسیلوس سانفرانسیس را مشخص کرد. همچنین نتایج واکنش زنجیره ای پلی مراز با تکثیر قطعه253، 333 و 156 جفت بازی از ژن 16s rna ریبوزومی توسط آغازگرهای اختصاصی آزمون بیوشیمیایی را تایید نمود. نتایج این تحقیق نشان که واکنش زنجیره ای پلیمراز می تواند به خوبی جایگزین آزمون های بیوشیمیایی در شناسایی زیر سویه های موجود در فلور میکروبی خمیر ترش شود.