در این پژوهش به منظور بررسی ویژگی های کیفی منابع آب زیرزمینی دشت نجف آباد، آبخوان از نظر کمی و کیفی شبیه سازی شده و مورد مطالعه قرار گرفته است. با توجه به اطلاعات مربوط به چاه ها، چشمه ها، قنوات، بارندگی، نقشه ها، مطالعات ژئوفیزیک منطقه و... شبیه سازی هیدرولیکی آبخوان با استفاده از نرم افزار modflow برای یک دوره 15 ساله از 1374 تا 1389 انجام شد و ویژگی های هیدرودینامیکی آبخوان، نظیر ضریب هدایت هیدرولیکی اشباع خاک (k_s) و ضریب آبدهی ویژه (s_y) برآورد شده است. نتایج نشان دهنده هم خوانی بسیار خوب بین بارهای آبی محاسباتی و مشاهداتی می باشد. در بخش بعدی اطلاعات مربوط به کیفیت آب زیرزمینی دشت نجف آباد اعم از ec، tds و sar به طور اجمالی و کلی مورد بررسی قرار گرفته است و در نهایت پهنه بندی پخش و انتقال این پارامترهای شیمیایی در دشت با استفاده از کد mt3d نرم افزار modflow انجام شد و با استانداردهای آیرز و وسکات و نمودار ویلکوکس ارزیابی گردید. نتایج نشان دهنده این است که این نوع پارامترهای شیمیایی در بیشتر وسعت منطقه از نظر کیفی متوسط بوده به جز قسمت جنوب شرقی منطقه که از لحاظ کیفی نامناسب تشخیص داده شده که باید اقدامات مدیریتی مناسب برای آن لحاظ گردد. عامل آلودگی در این منطقه مصرف بی رویه انواع کودهای شیمیایی و سموم گیاهی همراه با تخلیه فاضلاب های شهری و صنعتی به رودخانه های موجود در دشت است که عمدتاً در این محور واقع شده اند و بار آلودگی را پیوسته افزایش می دهند. در پایان نیز مقایسه ای بین روش modflowبا روش drastic انجام شده که هر دو روش این منطقه را از لحاظ آسیب پذیری کم تا متوسط ارزیابی کردند و نتایج حاصل تقریباً نزدیک به هم بود.