در این رساله با توجه به گستردگی آثار ملاصدرا به برخی از مسائلی که وی پاسخ های متفاوت ابراز داشته است، می پردازیم. پاسخ های متفاوتی که در یک نظام فلسفی ناسازگارند؛ به نحوی که ممکن است خواننده آثار ملاصدرا چنین استنباط کند که وی دچار تهافت گویی شده است و نظام فلسفی منسجمی ارائه نکرده است. در بخش دوم و سوم به بررسی نه مورد از این مسائل خواهیم پرداخت، و در بخش پایانی نشان خواهیم داد که پاسخهای متفاوتی که برای مسائل ذکر شده است ناشی از عوامل زیر است: 1. تغییر نظرات فکری ملاصدرا در طول زمان (وی نخست به اصالت ماهیت و سپس به اصالت وجود و تشکیک وجود قائل شده است و در نهایت به نظریه وحدت شخصی وجود دست یافته است)؛ 2. رعایت جنبه تعلیمی در بیان مطالب؛ 3. طرح نظریات بر اساس مبانی مختلف (مبنای قوم، مبنای وحدت تشکیکی وجود و مبنای وحدت شخصی وجود)؛ 4. تلاش برای نگارش یک دوره فلسفه.