با شکل گیری توازن قوا به ویژه میان نهاد دینی و نهاد سیاسی در عصر قاجار، دوره ی جدیدی از تأثیر گذاری حوزه های علمی بر عرصه ی ایران و جهان تشیع رقم خورد. تکیه روحانیت بر سنت سیاسی شیعی، به همراه ضعف قاجاریه و تحولات سیاسی و اجتماعی پیاپی در عصر مشروطه، موقعیت خاصی به مراکز علمی و فقهی شیعیان بخشید. با تأسیس حوزه ی علمیه قم، در آغاز سده جدید شمسی و جدایی و استقلال حوزه های علمیه ایران از عراق، تجربه جدیدی پیش پای روحانیت شیعه نهاده شد و آنان را هم زمان وارد کشاکش های سیاسی ایران در حساس ترین دوره تاریخی اش، نمود. از این تاریخ تا سال 1357(ه.ش)، اندیشه های سیاسی مهمی در میان حوزویان ایرانی شکل گرفت که از مهم ترین آن ها، می توان به اندیشه سیاسی ولایت فقیه(با قرائت امام خمینی)، اندیشه های رادیکالی فدائیان اسلام و حزب ملل اسلامی و اندیشه سیاسی مکتب تفکیک و تز دوری گزینی از سیاست انجمن حجتیه و اندیشه کلام سیاسی جدید، همانند، اندیشه های آیت الله مرتضی مطهری اشاره کرد، که دامنه و تأثیرگذاری بسیاری از آنان تا عصر حاضر نیز به چشم می خورد.