ملانین رنگدانه ای است که به وسیله ملانوسیت ها تولید می شود و رنگ پوست، مو و چشم ها را تعیین می کند. دو نوع ملانین در تشکیل رنگ پوست و پوشش نقش دارند، فائوملانین (قرمز تا زرد) و اوملانین (قهوه ای تا مشکی) که به توسط دو ژن mc1r وasip کنترل می شوند. هدف از این مطالعه شناسایی چند شکلی های موجود در دو جایگاه مذکور و تعیین فراوانی های آللی و ژنوتیپی و نیز بررسی ارتباط آن ها با صفت رنگ پوست و پوشش در دو نژاد اسب عرب (اصیل) و اسب ترکمن بود. استخراج dna از 300 نمونه خون (150 نمونه به ازای هر نژاد) به روش نمکی بهینه یافته انجام و واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) برای تکثیر قطعات 460 و 102 جفت بازی به ترتیب از ناحیه اگزون 1 ژن mc1r و اگزون 2 ژن asip با استفاده از آغازگرهای اختصاصی صورت گرفت. شناسایی فرم های مختلف آللی در ژن mc1r با استفاده از آنزیم tagi و الکتروفورز محصولات هضم آنزیمی روی ژل آگارز انجام شد. سه ژنوتیپ ee، eeو ee در هر یک از نژادهای اسب عرب (اصیل) با فراوانی به ترتیب، 3/29، 56 و 7/14 و در اسب ترکمن با فراوانی به ترتیب 3/31، 3/57 و 4/11 درصد مشاهد شد. در جایگاه asip نمونه ها با استفاده از الکتروفورز مستقیم محصولات حاصل از واکنش زنجیره ای پلی مراز روی ژل اکریل آمید تعیین ژنوتیپ شدند. فراوانی مشاهده شده برای ژنوتیپ های aa، aa و aa در هر یک از نژادهای اسب عرب (اصیل) به ترتیب برابر با 3/39، 1/58 و 6/2 درصد و در اسب ترکمن به ترتیب برابر با 3/32، 0/66 و 6/2 درصد بود. مقایسه فراوانی ژنی و ژنوتیپی در هر یک از جایگاه های مورد مطالعه در بین دو نژاد تفاوت آماری معنی داری (p>0.05) را نشان ندادند. در این گزارش، یک هم شیبی بین جهش تک نوکلئوتیدی در کدون 84 (gac>aac) در جایگاه گیرنده 1 ملانوکورتین و رنگ پوشش بلوطی و نیز بین حذف یک قطعه 11 جفت بازی در اگزون 2 در جایگاه گیرنده آگوتی و رنگ پوشش سیاه یافت شد. برای فهم دقیق تر مکانیسم کنترل رنگ در اسب، به نظر می رسد که دیگر جایگاه های موثر بر رنگ نیز باید به طور هم زمان مورد بررسی قرار گیرند.