پژوهش حاضر، به بررسی نقش امام باقر (ع) در تفسیر و علوم قرآن پرداخته و سعی شده تبیین این موضوع را در چهار فصل و یک خاتمه و نتیجه گیری ارائه دهد. فصل نخست پیرامون کلیات و مفهوم شناسی همچون: بیان مسأله، سوال اصلی، سوالات فرعی، ضرورت و اهداف تحقیق، تعریف کلید واژگان، علوم قرآن، تفسیر، مدرسه تفسیری می باشد. در فصل دوم زندگینامه و مرجعیت علمی امام باقر (ع)، باتوجه به اوضاع و شرائط سیاسی و فرهنگی آن زمان و نقش کلیدی آن حضرت در رابطه با علوم مختلف اسلامی بویژه تفسیر و علوم قرآن و تربیت شاگردان ممتاز و برجسته، همچنین موقعیت علمی آن حضرت از دیدگاه بزرگان و عالمان سرشناس زمان، مورد بررسی قرار دادیم و اثبات کردیم که آن حضرت یکی از برجسته ترین مفسر و نماینده علوم اهل بیت (ع) می باشند. در فصل سوم در رابطه با تاریخ و علوم قرآن از قبیل: نزول قرآن، تاریخ جمع قرآن، قرائت صحیح، وحی، نسخ، فرمایشات امام باقر علیه السّلام را یادآور شده و در این زمینه از نظرات علماء و دانشمندان هم استفاده کردیم، بعضاً از کتب اهل سنّت، مطالب منسوب به حضرت را بیان نمودیم. در فصل پایانی، بحث امام باقر (ع) و تفسیر قرآن را با شیوه تفسیری آن حضرت با ذکر پاره ای از روایات آن حضرت مطرح کردیم در این مبحث نمونه های تفسیر قرآن به قرآن، تفسیر قرآن به سنّت، تفسیر قرآن با گرایش ادبی و لغوی، تاریخی و قصص که مفسران گرانقدر اسلامی، از کلام امام باقر (ع)، برای تبیین مفاهیم آیات، استخراج کردند ذکر کردیم، مواردی که امام (ع) با استفاده از قواعد ادبی و لغوی به تفسیر آیات الهی پرداخته و به اصحاب و شاگردان خود تعلیم دادند که چگونه با تکیه بر اصول و قواعد ادبی و لغوی مطالب دینی را استخراج کنند، اگرچه ممکن است روش های فراوان تفسیر قرآن در کلام امام باقر (ع) می توان یافت و همچنین مواردی که امام (ع) با تکیه بر اصول تاریخ و بیان قصص قرآنی، آیات را تفسیر کردند، تا آنکه در آن زمان که غالیان و منحرفان، آیات را به خواسته خود تفسیر می کرده اند شک و ابهام را از آن ها بزدایند در سه بخش: گرایش ادبی، لغوی و تاریخی اشاره نمودیم. و در پایان بحث میراث تفسیری امام را که به ما رسیده است مورد بحث و بررسی قرار دادیم و در این زمینه تفاسیر علی ابن ابراهیم و ابی الجارود را با بررسی شخصیت آن ها و تفاسیر منسوب به امام (ع)، با استفاده از نظرات رجال شناسان و مفسران و پژوهشگران مورد بحث قرار دادیم و ثابت کردیم که روایات ذکر شده در تفسیر علی ابن ابراهیم، بواسطه خود ابراهیم و پدرش مورد تأیید و غیر از آن ها محل اشکال است همچنین تفسیر ابی الجارود منسوب به امام باقر (ع) در زمان استقامت او به مکتب اهل بیت (ع)، مورد قبول مفسران و رجال شناسان قرار گرفته و بعد از تمایل او به مذهب زیدیه و انحراف از مکتب اصیل امامیه محل اشکال است.