استافیلوکوکوس اورئوس یکی از شایع ترین علل مهم بیماری های منتقله از راه غذا در جهان می باشد و شیر و فرآورده های آن غالباً در مسمومیت های استافیوکوکی نقش دارند. در این مطالعه تعداد 403 نمونه شامل 236 نمونه شیر خام (152 نمونه شیر خام گاو، 32 نمونه شیر خام گوسفند و 52 نمونه شیر خام بز) و 27 نمونه پنیر سنتی، 30 نمونه کره سنتی، 15 نمونه ماست سنتی، 18 نمونه بستنی سنتی، 12 نمونه کشک سنتی و 65 نمونه شیر پاستوریزه گاو از بازار شهرکرد جمع آوری و جهت تشخیص حضور استافیلوکوکوس اورئوس مورد بررسی قرار گرفت.پس از شناسایی فنوتیپی جدایه های استافیلوکوکوس اورئوس که بر اساس روش های متداول صورت پذیرفت، به منظور تأیید ژنوتیپی جدایه ها با بهره گیری از واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) ژن حراست شده 16s-rdnaکه در تمام استافیلوکوکوس ها مشترک است، مورد ردیابی قرار گرفت. سپس 26 جفت پرایمر اختصاصی ژن-های کدکننده تولید حدت و ژن های تنظیم کننده آن ها، ژن های کدکننده مقاومت آنتی بیوتیکی و ژن های کدکننده تولید انتروتوکسین های کلاسیک استافیلوکوکوس اورئوس مورد استفاده قرار گرفت. از میان کل جدایه ها (67/44 %)، درصد توزیع ژن های کدکننده عوامل حدّت:clfa (36/47 %)،coa (13/80 %)،tsst-1 (31/3 %)، eta (78/82 %)،etb (54/67 %)،x-region (66/49 %)،igg binding region (72/41 %)،ژن های تنظیم کننده تولید عوامل حدت: agri (82/25 %)، agrii (30/54 %) و agriii (76/35 %)، ژن های کدکننده مقاومت آنتی بیوتیکی: meca (22/66 %)، aaca-d (49 %)، tetk (92/60 %)، tetm (80/29 %)، msra (25/62 %)، msrb (51/22 %)، vata (20/19 %)، vatb (84/23 %)، vatc (56/14 %)، erma (46/30 %)، ermc (81/27 %)، lina (72/41%) و ژن های کدکننده تولید انتروتوکسین های کلاسیک جدایه های استافیلوکوکوس اورئوس: ژن sea (84/23 %)، seb (52/20 %)، sec (31/3 %) و sed (97/3 %) می باشد. بررسی فنوتیپی مقاومت به 12 آنتی بیوتیک مختلف که با روش دیسک دیفیوژن انجام گرفت نشان داد که بیشترین مقاومت مربوط به تتراسایکلین (44/83 %) و کمترین مقاومت مربوط به نیتروفورانتوئین (99/1 %) می باشد.