طیف گسترده¬ای از مواد آلی شیمیایی عمداً یا سهواً وارد محیط زیست می¬شوند که نگرانی های عمومی را پدید می آورند. هیدروکربن-های نفتی یکی از انواع آلاینده¬های آلی هستند که ورودشان به اکوسیستم¬های دریایی و خاکی مخاطرات زیادی به دنبال دارد. در حال حاضر نیاز به فن آوری¬های با صرفه از نظر اقتصادی برای بازسازی مکان¬های آلوده وجود دارد. یکی از روش¬هایی که در دهه¬های اخیر مورد توجه قرار گرفته، زیست پالایی است. در این روش از میکروارگانیسم¬ ها و گیاهان برای رفع، حذف یا تثبیت مواد آلاینده استفاده می¬ شود. در این پژوهش، باکتری¬های تجزیه کننده نفت در خاک¬های آلوده به مواد نفتی از 5 پالایشگاه کشور (تهران، شیراز، اصفهان، آبادان و تبریز) مورد بررسی و شناسایی قرار گرفت. پس از جمع آوری نمونه های خاک، برخی از خصوصیات فیزیکی و شیمیایی خاک مانند تنفس میکروبی، کربن آلی، درصد آهک، غلظت کل هیدروکربن¬های نفتی و غلظت فلزات سنگین اندازه¬گیری شد. باکتری¬های تجزیه¬کننده نفت پس از مرحله غنی¬سازی، از محیط کشت جداسازی و خالص¬سازی گردید. از بین سویه¬هایی که در محیط کشت حاوی نفت خام رشد بیشتری داشتند، 12 سویه برای شناسایی انتخاب شدند. سویه های انتخاب شده به روش مولکولی با استخراج dna و توالی¬یابی ژن 16s rrna شناسایی گردید. تنوع ژنتیکی توالی های حاصل بررسی و درخت فیلوژنی با استفاده از نرم افزار مگا نسخه 4 ترسیم شد. باکتری ¬های جداسازی شده به 5 گونه achromobacter spanius، klebsiella quasipneumoniae، ochrobactrum intermedium، citrobacter amalonaticus و pseudomonas aeruginosa تعلق داشتند. میزان رشد و تجزیه مواد نفتی توسط باکتری¬های مذکور در دیزل سبک، دیزل سنگین و نفت خام بررسی گردید. بیشترین میزان رشد و تجزیه در نفت¬خام، دیزل سنگین و دیزل سبک به ترتیب مربوط به باکتری¬های citrobacter amalonaticus، ochrobactrum intermedium وklebsiella quasipneumoniae بود. در این مطالعه دو کنسرسیوم a و b تهیه شد. کنسرسیوم a متشکل از 5 باکتری شناسایی شده، بیشترین رشد را در دیزل سنگین نشان داد. کنسرسیوم b متشکل از سه باکتری achromobacter spaniu، klebsiella quasipneumoniae و ochrobactrum intermedium بود که بیشترین رشد را در نفت خام داشت. بنابراین کنسرسیوم a و b به ترتیب برای تجزیه دیزل سنگین و نفت خام پیشنهاد می¬شوند. تنوع باکتری¬ها با استفاده از شاخص های تنوع گونه ای بررسی شد. نتایج نشان داد که تنوع بالایی از باکتری¬های تجزیه کننده مواد نفتی در خاک¬های مورد مطالعه وجود دارد. با توجه به نتایج حاصل از این تحقیق، بررسی پتانسیل باکتری¬های شناسایی شده در محیط¬ های آبی و خاک¬های آلوده به هیدروکربن¬ های نفتی به منظور پاکسازی این آلاینده¬ها توصیه می¬شود.