اولین گام در زمینه اصلاح توده های بومی گندم سیستان دسترسی به منابع ژنتیکی آن وبررسی تنوع ژنتیکی موجود می باشد ولی تاکنون اطلاعات موجود در زمینه¬ی توده های بومی گندم سیستان از طریق بررسی های مورفولوژیکی که متاثر از محیط هستند ونمی¬توانند نماینده کل ژنوم باشند،بدست آمده است.لذا استفاده از نشانگرهای dna که چند شکلی را در سطح dna اشکار می کنند،می توانند به عنوان روش های مکمل داده های مورفولوژیکی،روابط ژنتیکی توده¬های بومی گندم سیستان را به طور کارآتر تعیین کنند.به همین دلیل تنوع ژنتیکی 69 توده بومی گندم سیستان با استفاده از نشانگر مولکولی ssr مورد بررسی قرار گرفت.استخراج dna به روش تغییر یافته دلاپورتا و همکاران انجام گرفت.در مجموع 15 جفت آغازگر مورد آزمایش قرار گرفت که 8 مورد از انها تولید الگو های چند شکل میان توده¬ها نمودند(با میانگین پلی مورفیسم 37/61 ).تجزیه خوشه ای بر اساس ضریب تشابه جاکارد و به روش upgma ،زنوتیپ های مورد مطالعه در سطح تشابه 70/0 در سه گروه قرار داد.دامنه تشابه در بین 69 توده¬ی بومی گندم سیستان از 53/0 تا 00/1 می باشد.تجزیه خوشه ای برای صفات کمی بر اساس فاصله اقلیدوسی و روش upgma انجام گرفت و تطابق بسیار کمی(0021/0)بین صفات کمی با نشانگر مولکولی ssr دیده شد.نتایج بدست آمده از مقدار درصد پلی مورفیسم در این پژوهش نشان دهنده ی تنوع زنتیکی بسیار زیاد میان این توده¬ها می باشد،در نتیجه می توان از این توده¬ها جهت معرفی ژنهای جدید و همچنین در پژوهش¬های آینده می¬توان توده¬های برتر را شناسایی کرد و جایگزین این توده از اکوتیپ کرد.