هدف از این تحقیق، بررسی شرایط سلامت اکوسیستم در خور گوبان و دورق واقع در شمال غرب خلیج فارس بود.. نمونه برداری در 20 ایستگاه، در ماه های آبان و اسفند 1391، با استفاده از گرب انجام گردید. فاکتورهای محیطی مانند شوری، اسیدیته، دمای آب، اکسیژن محلول، هدایت الکتریکی، درصد کل مواد آلی و دانه بندی رسوبات مورد سنجش قرار گرفت. در پژوهش حاضر، 27 گونه ماکروبنتوز شناسایی گردید. بیشترین و کمترین میزان تراکم و توده زنده ماکروبنتوزها به ترتیب در خور گوبان و دورق ثبت گردید. گروه های پرتاران و شکم پایان به عنوان گروههای غالب و مقاوم ماکروبنتوزی معرفی گردیدند. نتایج حاصل از آزمون همبستگی نشان داد، درصد کل مواد آلی بیشترین همبستگی را با تراکم و توده زنده ماکروبنتوزها دارد. با استفاده از آنالیز واریانس یکطرفه، اثر فصول مختلف بر تراکم ماکروبنتوزها، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان می دهد که در فصل پاییز و زمستان، فراوانی ماکروبنتوزها به طور معنی داری با یکدیگر تفاوت دارند. دامنه تغییرات شاخص شانون بین 48/2-96/0 بود. بیشترین میزان آن در خور گوبان ثبت شد. بر اساس منحنی های مقایسه ای توده زنده- فراوانی، خور گوبان و دورق به ترتیب، آلودگی متوسط و شدید را نشان دادند.