پژوهش حاضر با هدف بررسی نسبت اندیشه سیاسی مکتب تفکیک و امام خمینی(ره) به انجام رسید. این پژوهش با روش مقایسه‏ای، به بررسی اندیشه و سیره عملی اندیشمندان مبرز مکتب تفکیک و در صدر آنها استاد محمدرضا حکیمی در مقام مقایسه با امام خمینی(ره) می‏پردازد. یافته‏های تحقیق نشان می‏دهد که با وجود اختلاف در مباحث فرعی اندیشه سیاسی نظیر نحوه حکومت داری در عصر غیبت، نقش مردم و حقوق حاکمیت، این دو مشرب فکری در مباحث اصولی و خاستگاه های معرفتی دارای اشتراکات فراوانی‏اند. امام خمینی(ره) به عنوان فقیهی اصولی به مدد عنصر«اجتهاد» توانست دقیق‏ترین مدل حکومتی را در سپهر اندیشه سیاسی مکتب تشیع ترسیم کند و فقهای اخباری مکتب تفکیک را که سر سازگاری چندانی با تاسیس حکومت در عصر غیبت ندارند در عرصه‏ی عمل با خود همگام کند. استاد محمدرضا حکیمی به عنوان اندیشمند مبرز مکتب تفکیک توانست با تئوریزه کردن حکومت مشابه زمینه‏های همسویی بیشتر این دو جریان فکری را فراهم سازد.