بیماری شانکر آسیایی یکی از مهم ترین بیماری های مرکبات در دنیا و عامل این بیماری xanthomonas smithii subsp. citri در بسیاری از کشورهای دنیا به عنوان یک پاتوژن قرنطینه ای است. از آنجا که مهمترین شرط لازم برای مدیریت یک بیماری گیاهی پس از شناسایی، پی بردن به تنوع ژنتیکی آن است این تحقیق به منظور شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی استرین های زانتوموناس عامل شانکر باکتریایی مرکبات در استان های لرستان و ایلام بر اساس الگوی 16 srdna و آغازگرهای box و eric (rep-pcr) انجام گردید تا در مدیریت کنترل بیماری مورد استفاده قرار گیرد. در این راستا از باغات مشکوک به آلودگی در استان های ایلام و لرستان نمونه برداری صورت گرفته و به آزمایشگاه منتقل و مجموعا سی جدایه باکتریایی جداسازی گردیدند که با انجام تست های فنوتیپی و استفاده از پرایمر های اختصاصی شانکر باکتریایی مرکبات بر اساس الگوی 16srdna، شانکر نوع a xanthomonas smithii subsp. citri تشخیص داده شد. یکی جدایه انتخاب و محصول pcr آن توالی یابی شد. توالی به دست آمده پس از همردیف سازی چند گانه با برنامه mega5 با سایر توالی های مربوط به این ناحیه موجود در بانک ژن (ncbi) مقایسه شد نتایج به دست آمده نشان داد که این جدایه در سطح 97% با xanthomonas citri subsp. citri از سایر نقاط دنیا شباهت داشته و از نظر تکاملی نزدیکترین رابطه را با توالی جدایه کرمان دارد. داده های حاصل از rep-pcr با استفاده از نرم افزار(ntsys-pc 2.02) numerical taxonomy and multivariate analysis system تجزیه و تحلیل شد و فاصله یا شباهت ژنتیکی بین افراد به صورت وجود یا عدم وجود باند در ژل مشخص شد. برای بررسی فاصله واقعی میان کلاسترها از روش (upgma) unweighted pair-group method using arithemtic average و ضریب تشابه جاکارد (j) استفاده گردید. با توجه به آنالیز rep-pcr جدایه ها در سطح 69% به 5 گروه تقسیم شدند. الگوی باند های تولید شده بین 4000-500 جفت باز بود و جدایه های استان لرستان تنوع بیشتری نشان دادند.