بهبود مستمر عملکرد بدون بررسی و کسب آگاهی از میزان پیشرفت و دستیابی به اهداف و بدون شناسایی چالش های پیش روی سازمان و کسب بازخورد و اطلاع از میزان اجرای سیاست های تدوین شده و شناسایی مواردی که به بهبود جدی نیاز دارند میسر نخواهد شد. تمامی موارد مذکور بدون اندازه گیری و ارزیابی امکان پذیر نیست. یکی از ابزارهای مناسب و کارآمد در زمینه ارزیابی عملکرد، اجرای حسابرسی عملیاتی در شرکت ها است. حسابرسی عملیاتی از طریق تشخیص نارسائی ها و با ارائه پیشنهاد های عملی و ایجاد تغییرات مثبت، به بهبود عملکرد و بازگرداندن سازمان به مسیر درست خود کمک می کند، امّا متاسفانه با وجود مزایای متعدّد اجرای حسابرسی عملیاتی ، این خدمات حرفه ای در ایران چندان فراگیر نشده است و هدف از انجام این تحقیق بررسی موانع اجرای حسابرسی عملیاتی در شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار می باشد. برای انجام این پژوهش از ابزار پرسش نامه و برای تجزیه و تحلیل اطلاعات حاصل از پرسش نامه از نرم افزار spss و آزمون آماری تی استیودنت تک نمونه ای برای داده هایی با توزیع نرمال وآزمون ویلکاکسون برای داده هایی با توزیع غیر نرمال استفاده شده است. در ضمن از آزمون کلموگروف – اسمیرنوف و روش های ترسیمی برای بررسی نرمال بودن توزیع داده ها وبرای رتبه بندی موانع از آزمون فریدمن استفاده شده است. نتایج تحقیق نشان می دهد که به ترتیب مشکلات کلان اقتصادی و حاکمیت دولتی در ایران، هزینه های اجرای حسابرسی عملیاتی، عدم وجود معیار تدوین شده مناسب، عدم وجود استاندارد تدوین شده مناسب، عدم وجود برنامه، هدف و بودجه عملیاتی در شرکت ها، عدم وجود سیستم اطلاعاتی مناسب در شرکت ها، عدم وجود آموزش های تخصصی کافی برای حسابرسان عملیاتی، عدم وجود مهارت های تخصصی کافی در حسابرسان عملیاتی از موانع اجرای حسابرسی عملیاتی در شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار هستند.