اندوفیت ها، میکروارگانیسم هایی هستند که درون بافت های گیاهی مستقرند، بدون اینکه آسیبی به گیاه میزبان وارد کنند. این میکروارگانیسم ها تقریباً در همه ی گونه های گیاهی یافت می شوند. بسیاری از تحقیقات و پژوهش ها نشان داده اند که اندوفیت ها یک منبع جدید و بالقوه مواد طبیعی جدید می باشند که می توان آن ها را برای بهره برداری و استفاده در پزشکی مدرن، کشاورزی و صنعت مورد استفاده قرار داد. در مطالعه ی حاضر، سه گیاه دارویی آویشن شیرازی(zataria multiflora)، بومادران(achillea willhelmsii) و همیشه بهار(calendula officinalis l.) به منظور جداسازی اندوفیت های باکتریایی و ارزیابی خواص ضد-باکتریایی این میکروارگانیسم ها علیه برخی باکتری های پاتوژن انسانی مورد بررسی قرار گرفتند. قطعه های ساقه و برگ ضد عفونی شده ی هر گیاه بر روی محیط های کشتpepton agar، yeast extractagarو blood agar کشت شدند. بعد از رشد، خواص ضد باکتریایی هر اندوفیت رشد یافته علیه باکتری های نشانگرstaphyloccocus aureus، acintobacter bumani، enterococcus faecalisوpseudomonaseaeruginosa(از هرکدام 10 سوش) مورد بررسی قرار گرفت. در مجموع 9 اندوفیت باکتریایی از سه گیاه مورد آزمایش جدا گردید. اندوفیت های جدا شده از آویشن شیرازی و بومادران بیشترین تأثیر مهاری را داشتند. در مجموع همه ی اندوفیت های جدا شده اثرات قابل قبولی را علیه باکتری های نشانگر از خود نشان دادند. مطالعه ی حاضر نشان می دهد اندوفیت های جدا شده از این گیاهان می توانند منابع خوبی برای تهیه ی مواد ضد-میکروبی جدید باشند.