چکیده: بهره برداری از منابع آب طبیعی و استفاده از آن جهت مصارف شرب و کشاورزی مستلزم شناخت کمیت و به ویژه کیفیت آن می باشد. زیرا منابع آب دریافت کنندگان نهایی آلودگی به دست آمده از فعالیت های مختلف انسانی هستند. در مطالعه توصیفی و موردی انجام پذیرفته، آنالیز کیفی براساس داده های موجود در ایستگاه های شوشتر و بندقیر واقع در رودخانه گرگر استان خوزستان و نمونه های به دست آمده از سال آبی 1382 تا 1391 با ترسیم نمودارهای پایپر و ویلکوکس و مقایسه با استانداردهای معتبر آنالیز کیفی آب صورت پذیرفت و بمنظور بررسی ساختار همبستگی و ارتباط میان متغیرها از روش آنالیز مولفه های اصلی (pca) و برای تعیین روند در داده ها از آزمون من کندال و شیب خط رگرسیون استفاده شد. همچنین شبیه سازی آمونیوم و نیترات توسط مدل qual2kw در ماه های سال 1391 انجام گرفت و به منظور انجام صحت یابی نتایج مدل مقادیر r² و خطای مطلق محاسبه گردید. نتایج نشان داد که آب رودخانه گرگر به سمت کلریده میل می کند. آب این رودخانه از نظر کشاورزی در ابتدای رودخانه در کلاس c?-s? و در انتهای رودخانه در کلاس c?-s? قرار داشت و حاکی از کاهش کیفیت آب برای کشاورزی و آبیاری در انتهای رودخانه بود و علت آن ورود آلاینده ها به داخل رودخانه می باشد. بررسی روند پارامترهای کیفی نشان داد که پارامترهای باقیمانده املاح، هدایت الکتریکی، بی کربنات، کلر، کلسیم، دارای روند صعودی و معنی دار و پارامترهای اسیدیته و دبی جریان نیز دارای روند نزولی و معنی دار در سطح 99 درصد می باشند و در طول مسیر رودخانه به دلیل ورود آلاینده ها به داخل رودخانه از کیفیت آب رودخانه برای کشاورزی کاسته می شود. نتایج pca نشان داد مهم ترین پارامترهای کیفیت آب در رودخانه گرگر، پارامترهای sar، so? و hco? می باشند که با توجه به نوع کاربری اراضی منطقه مورد مطالعه، که شهری و کشاورزی می باشد، بیانگر این مهم بود که استفاده از مواد حاصلخیز کننده و کودهای در کشاورزی و همچنین ورود فاضلاب شهری شوشتر به رودخانه گرگر سبب تعیین این سه عمل بعنوان مهم ترین پارامترها در تعیین کیفیت آب این رودخانه شده است. همچنین نتایج شبیه سازی و صحت سنجی نشان داد علی رغم وجود داده های اندک موجود، مدل qual2kw بخوبی توانست پارامترهای nh? و no? را شبیه سازی کند، که نتایج حاصل بیانگر مناسب بودن پارامترهای شبیه سازی شده برای کشاورزی بوده و بیشترین بار آلودگی رودخانه به دلیل ورود پساب زهکش های کشاورزی و پرورش ماهی می باشد.