برنج پس از گندم و ذرت یکی از مهم ترین غلات برای تأمین غذا در جهان می باشد. این گیاه دارای تنوع ژنتیکی و توان سازگاری زیادی می باشد. برنج گیاهی است خودگشن و بین 0 تا 3 درصد دگرگشنی دارد. طول دوره رشد برنج های زراعی کمتر از 80 روز تا 280 روز متغیر است. برنج گیاهی تک لپه، سازگار با نواحی مرطوب و گرمسیری است. به منظور تعیین جایگاه های کنترل مقاومت به شوری و صفات وابسته به آن در برنج از جامعه تلاقی برگشتی نسل bc2f6 استفاده گردید. به این منظور طی یک آزمایش 115 لاین تلاقی برگشتی به همراه والدین آن ها (هاشمی و ندا) در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی در 3 تکرار و دو سطح تنش شامل شاهد و تنش (ds/m 8) ارزیابی گردید. نتایج ارزیابی فنوتیپی در محیط بدون تنش و تنش و تجزیه مرکب نشان داد که لاین ها از نظر طول ساقه و ریشه، نسبت طول ریشه به ساقه، تعداد برگ های سبز، وزن تر و خشک اندام هوایی و ریشه و نسبت وزن خشک ریشه به ساقه اختلاف معنی دار داشتند. صفت طول ریشه در محیط تنش نسبت به شرایط نرمال، افزایش نشان داد. شاخص های تحمل و حساسیت برای دو سطح تنش و شاهد محاسبه گردید. جهت کشت هیدروپونیک از ترکیب غذایی یوشیدا استفاده شد.. در این پژوهش بررسی qtl ها با استفاده از نرم افزار های winqtlcart و qtlnetwork 2.0 انجام گردید. و از نقشه ی لینکاژی استفاد شد که در آن 65 جفت آغازگر ریزماهواره، 12 کروموزم برنج را به غیر از 9و 11 پوشش دادند. به روش مکان یابی فاصله ای مرکب برای طول ساقه qtlهای روی کروموزوم های 3، 4، 6، 8، 10 و 12، برای طول ریشه روی کروموزوم های 1، 4، 5، 7و 12، برای وزن تر ساقه روی کروموزوم های 1، 7، 8، 12 و برای صفت وزن خشک ساقه روی کروموزوم های1، 2، 6، 7، 8 و برای صفت وزن تر ریشه روی کروموزوم های 1، 6، 8 و برای صفت وزن خشک ریشه روی کروموزوم های 6، 8، 12 و برای صفت طول ریشه به ساقه روی کروموزوم های 1، 4، 5، 8، 12 و برای وزن خشک ریشه به ساقه روی کروموزوم های 5، 8 شناسایی گردید. برای مکان یابی ژن های کنترل کننده صفات مورد مطالعه از روش mcmc در جمعیت تلاقی برگشتی پیشرفته برنج استفاده شد. نتایج نقشه یابی به روش mcmc حاکی از وجود یک qtl بر روی کروموزوم 3 برای صفت طول ریشه به ساقه بود و برای صفت وزن خشک ریشه به ساقه چهار qtl بر روی کروموزوم های 1، 4 و 5 وجود داشت، همچین 6 اثر اپیستازی برای این صفت وجود داشت. برای صفت وزن تر ساقه یک qtl روی کروموزوم 4 با اثر افزایشی بالا پیدا شد. یرای صفت تعداد برگ یک اثر اپیستازی بین کروموزوم های 2 و 4 مشاهده شد و یرای طول ساقه 2 اثر اپیستازی بین کروموزوم های 7 و 2 و بین کروموزوم های 3 و 6 پیدا شد.